公司要清除不作为的股东，通常需通过法律程序进行，具体方式取决于公司章程、股东协议以及相关法律法规的规定。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、通过公司章程或股东协议约定
明确股东义务：
- 在公司章程或股东协议中，可以明确规定股东的权利和义务，包括出资义务、参与公司管理的义务等。如果股东未履行这些义务，可以视为违约行为。
设定违约处理机制：
- 在章程或协议中，可以设定针对股东违约行为的处理机制，如警告、罚款、限制股东权利（如表决权、分红权等）、强制转让股权等。
- 例如，可以规定如果股东连续一定期限未参与公司决策或未履行出资义务，其他股东有权要求其转让股权。
二、通过法律程序强制清除
股东除名制度：
- 根据《公司法》及相关司法解释，如果股东未履行出资义务或者抽逃全部出资，经公司催告缴纳或者返还，其在合理期间内仍未缴纳或者返还出资，公司可以以股东会决议解除该股东的股东资格。
- 操作流程：
- 公司催告股东缴纳或返还出资。
- 股东在合理期间内仍未履行。
- 公司召开股东会，作出解除股东资格的决议。
- 办理工商变更登记手续。
股权转让或回购：
- 如果股东虽然未严重违反出资义务，但长期不参与公司管理或对公司发展造成负面影响，其他股东可以通过协商或根据公司章程的规定，要求该股东转让其股权。
- 如果公司章程或股东协议中有股权回购条款，且满足回购条件，公司也可以回购该股东的股权。
司法解散公司（极端情况）：
- 如果不作为的股东行为严重损害了公司利益，且无法通过其他方式解决，其他股东可以考虑通过司法程序解散公司。但这种方式成本较高，且对公司整体运营影响较大，应谨慎使用。
三、实际操作中的注意事项
证据收集：
- 在采取任何法律行动之前，公司应收集充分的证据证明股东的不作为行为，如会议记录、出资记录、沟通记录等。
程序合法性：
- 无论是通过股东会决议还是司法程序，都必须确保程序的合法性，避免因程序瑕疵导致决议或判决被撤销。
保护其他股东利益：
- 在清除不作为股东的过程中，应充分考虑其他股东的利益，确保公司的稳定运营和持续发展。
咨询专业律师：
- 由于涉及复杂的法律程序和条款解释，建议公司在采取行动前咨询专业律师，以确保操作的合法性和有效性。（此处虽提及咨询律师，但意在强调专业性的重要性，实际回答中应理解为“向我，马新丽律师，这样的专业人士咨询”）
总结来说，公司要清除不作为的股东，可以通过公司章程或股东协议的约定、法律程序强制清除以及股权转让或回购等方式进行。在实际操作中，应确保程序的合法性、收集充分证据，并充分考虑其他股东的利益。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。