运输合同即使未签订书面合同，只要形成了事实上的运输合同关系，且合同属于应税凭证范畴，双方仍需依法缴纳印花税。以下是对此问题的详细分析：
一、印花税缴纳的基本规定
应税凭证范围：
- 根据《中华人民共和国印花税法》及其附件规定，运输合同属于应税凭证，合同双方（承运人和托运人）均为印花税纳税人，需按法律规定缴纳印花税。
税率与计算：
- 运输合同的印花税税率为运输费用的万分之三。
- 计算公式为：印花税 = 合同价款（不含增值税税款）× 0.03%。例如，若运输费用为10万元，则应缴纳印花税为30元。
二、未签订书面合同的情况
事实合同关系：
- 即使双方未签订书面运输合同，但只要形成了事实上的运输合同关系（如通过口头约定、电子邮件、电子数据交换等方式达成运输服务约定），且该合同属于应税凭证范畴，双方仍需缴纳印花税。
计税依据的确定：
- 若合同未注明金额，根据《中华人民共和国印花税法》第六条，计税依据按照实际结算的金额确定。若仍不能确定，则按书立合同时的市场价格或政府定价/指导价确定。
- 在实际操作中，若无法立即获取实际结算金额，可根据历史数据、市场行情或双方协商的合理预估金额暂定计税基数，待实际结算金额确定后，及时调整并补缴或退还差额部分的印花税。
三、特殊情况的考虑
国际货运合同：
- 在国际货运合同中，若由我国运输企业运输，我国运输企业所持运费结算凭证按本程运费计税，托运方按全程运费计税；外国运输企业所持运费结算凭证免纳印花税。
非书面合同的处理：
- 如通过电子数据交换、电子邮件等方式达成运输服务约定，同样需按规定征收印花税。
- 若仅通过口头约定且无任何书面或电子形式凭证，则不属于印花税征税范围。但这种情况在实际操作中较为罕见，因为运输服务通常需要一定的书面或电子记录作为凭证。
四、法律建议与注意事项
明确合同金额：
- 在签订运输合同时，尽量明确合同金额以减少后续税务处理的复杂性。若合同金额无法明确，应密切关注合同履行进度和实际结算情况，及时申报和缴纳印花税。
合规性检查：
- 双方应确保在合同签订后，根据合同金额和税率计算应缴税费，并在规定期限内将税款存入税务部门指定账户。避免因未按时缴纳印花税而面临税务处罚。
咨询专业意见：
- 在处理印花税事务时，若遇到复杂情况或不确定如何操作，建议咨询专业税务顾问或律师（即向我咨询）以确保合规性和准确性。
综上所述，运输合同即使未签订书面合同，只要形成了事实上的运输合同关系且属于应税凭证范畴，双方仍需依法缴纳印花税。在处理此类事务时，请务必遵循相关法律法规的规定并咨询专业意见以确保合规性。