自然资源使用权纠纷确实可以提起行政诉讼。以下从几个方面为你详细分析：

1. 自然资源使用权的法律性质：

   • 自然资源使用权，如土地使用权、矿产资源开采权等，通常是由行政机关依法授予或确认的。这种权利的取得、变更或消灭，往往与行政机关的行政行为紧密相关。

2. 行政诉讼的适用范围：

   • 行政诉讼是公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益时，依法向人民法院提起的诉讼。自然资源使用权纠纷，如果涉及行政机关的行政行为（如许可、处罚、强制等），且该行为被认为侵犯了使用权人的合法权益，那么使用权人就有权提起行政诉讼。

3. 具体案例与法律条款：

   • 例如，在土地使用权纠纷中，如果行政机关错误地撤销了某企业的土地使用权证，或者对土地使用权的归属作出了错误的裁决，该企业就可以依法提起行政诉讼，要求法院撤销行政机关的错误决定，恢复其土地使用权。
   • 法律依据方面，可以参照《中华人民共和国行政诉讼法》的相关规定，该法明确规定了公民、法人或其他组织认为行政机关的行政行为侵犯其合法权益时，有权提起行政诉讼。

4. 提起行政诉讼的注意事项：

   • 在提起行政诉讼前，建议先尝试通过行政复议等途径解决纠纷，因为行政复议通常更为简便、快捷。
   • 如果决定提起行政诉讼，需要准备充分的证据材料，包括行政机关的行政行为文件、相关法律法规、以及证明自己合法权益受到侵犯的证据等。
   • 提起行政诉讼时，需要遵循法定的诉讼程序和时效规定，确保诉讼的合法性和有效性。

5. 可能的法律后果：

   • 如果法院认定行政机关的行政行为确实侵犯了使用权人的合法权益，那么法院可能会判决撤销或变更该行政行为，恢复使用权人的合法权益。
   • 如果法院认定行政机关的行政行为合法有效，那么使用权人的诉讼请求可能会被驳回。

总结与建议：

• 自然资源使用权纠纷如果涉及行政机关的行政行为，且该行为被认为侵犯了使用权人的合法权益，那么使用权人确实可以提起行政诉讼。
• 在提起行政诉讼前，建议先咨询专业律师，了解具体的法律程序和注意事项，确保诉讼的合法性和有效性。
• 如果你在自然资源使用权方面遇到纠纷，或者对行政诉讼有任何疑问，都可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律建议。