若面临农村光伏收益被甲方抵扣且甲方已起诉的情况，核心应对策略是积极应诉，通过法律途径维护自身权益，具体可从以下方面着手：
审查合同条款
- 仔细研读与甲方签订的合同，查看其中关于光伏收益分配、抵扣条件、违约责任等关键条款的约定。如果合同中明确规定了甲方无权擅自抵扣收益，或者其抵扣行为不符合合同约定的条件，那么甲方起诉要求抵扣收益的主张就缺乏合同依据，你可以以此作为抗辩理由，要求法院驳回甲方的诉讼请求。
- 若合同条款存在模糊不清或歧义的地方，要收集相关证据，如合同签订过程中的沟通记录、谈判资料等，以证明双方对于收益分配和抵扣的真实意图，争取对合同条款作出有利于自己的解释。
收集证据材料
- 收集能够证明光伏项目实际收益情况的证据，如财务报表、电费结算单、收入明细等，以准确核算应得的收益金额，反驳甲方不合理的抵扣数额。
- 保留与甲方就收益抵扣问题进行沟通的证据，如书面通知、邮件、短信、聊天记录等。如果甲方在抵扣前未按照合同约定或法律规定履行通知义务，或者其抵扣理由缺乏合理性，这些证据可以证明甲方存在过错，增强你的抗辩力度。
- 若有其他相关证据，如证人证言、第三方评估报告等，能够支持你的主张，也应一并收集整理，以便在诉讼中提供更充分的证据支持。
分析甲方起诉理由
- 了解甲方起诉的具体理由和依据，判断其主张是否合法合理。如果甲方主张抵扣收益是基于所谓的“债务抵销”，要审查该债务是否真实存在、是否到期、是否符合法定抵销的条件。例如，如果甲方所称的债务是你与甲方之间其他合同产生的，且该合同与光伏收益合同没有关联性，或者该债务尚未到期，那么甲方无权主张抵销，你可以据此进行抗辩。
- 若甲方起诉存在恶意诉讼的嫌疑，如为了达到不正当目的而虚构事实、伪造证据等，你可以收集相关证据，向法院说明情况，要求法院对甲方的诉讼行为进行审查，并可能追究其相应的法律责任。
寻求专业法律帮助
- 由于诉讼过程涉及复杂的法律程序和专业知识，建议你及时委托专业的律师代理诉讼。律师可以根据你的具体情况，制定详细的诉讼策略，撰写法律文书，代表你出庭应诉，维护你的合法权益。
- 在与律师沟通时，要如实提供案件的相关信息和证据材料，积极配合律师的工作，以便律师能够全面了解案件情况，为你提供更有效的法律服务。
考虑和解或调解
- 在诉讼过程中，你也可以考虑与甲方进行和解或调解。通过与甲方协商，寻求双方都能接受的解决方案，如调整收益分配比例、分期支付抵扣款项等。和解或调解不仅可以节省诉讼时间和成本，还能避免双方关系进一步恶化，有利于后续的合作或相处。
- 如果双方能够达成和解或调解协议，要确保协议内容明确、具体，具有可操作性，并签订书面协议，以保障双方的权益。