结论：老赖已经还款但未及时提交法院申请的情况下，您仍有多种途径可以采取以保障自身权益，具体取决于还款的具体情况以及您是否已采取法律措施。以下是一些详细的分析和建议：
一、若已申请强制执行但未结案
及时与法院沟通：
- 如果您已经向法院申请了强制执行，但老赖在执行过程中还款，您应及时与执行法官联系，说明还款情况，并提供相关证据（如转账记录、收条等）。
- 法院会根据实际情况，可能裁定终结执行程序，或者根据您的申请，对老赖的还款行为进行确认，并解除对其财产的查封、冻结等措施。
申请解除执行措施：
- 在老赖还款后，您可以向法院申请解除对其财产的查封、冻结、扣押等执行措施，以便老赖能够恢复正常的生活和经营活动。
- 法院在审查您的申请后，如果认为符合法律规定，会及时作出解除执行措施的裁定。
二、若尚未申请强制执行但已起诉
考虑撤诉或和解：
- 如果您已经向法院提起了诉讼，但老赖在诉讼过程中还款，您可以考虑向法院申请撤诉，或者与老赖达成和解协议。
- 撤诉或和解后，案件将不再继续审理，您可以根据和解协议的内容，与老赖协商处理后续事宜。
确认还款事实并保留证据：
- 无论您选择撤诉还是和解，都应确保老赖的还款事实得到确认，并保留好相关证据（如转账记录、收条、和解协议等）。
- 这些证据在将来可能用于证明老赖已经履行了还款义务，避免不必要的法律纠纷。
三、若尚未采取任何法律措施
评估是否需要继续追讨：
- 如果老赖已经还款，但您尚未采取任何法律措施（如起诉、申请强制执行等），您应评估是否还需要继续追讨剩余款项（如果有的话）或确认还款事实。
- 如果老赖已经全额还款，且您对此无异议，那么可能无需再采取进一步法律措施。
考虑签订书面确认文件：
- 为了确保老赖的还款事实得到书面确认，您可以与老赖签订一份书面确认文件，明确还款金额、时间、方式等关键信息。
- 这份文件在将来可能用于证明老赖已经履行了还款义务，是维护您权益的重要证据。
四、特殊情况处理
如果老赖部分还款：
- 如果老赖只是部分还款，您仍有权继续追讨剩余款项。此时，您可以根据实际情况选择是否继续采取法律措施（如起诉、申请强制执行等）。
- 在追讨剩余款项时，您应确保保留好相关证据（如借款合同、转账记录、部分还款的收条等），以便在法律程序中证明您的权益。
如果老赖还款后反悔或存在欺诈行为：
- 如果老赖在还款后反悔或存在欺诈行为（如伪造还款证据、拒绝承认还款事实等），您应及时向法院提起诉讼或申请强制执行，并提供相关证据证明老赖的欺诈行为。
- 法院在审查您的申请和证据后，会依法作出判决或裁定，维护您的合法权益。
建议：在处理此类情况时，建议您保持冷静和理性，根据实际情况选择合适的处理方式。如果您对法律程序不熟悉或担心处理不当，可以随时向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议和帮助。