结论：公司员工旷工，公司不能扣员工3倍工资，这种做法是不合法的。
法律依据与详细分析
《中华人民共和国劳动法》第五十条：
- 工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这一规定明确保障了劳动者的工资权益，禁止用人单位任意扣减工资，旷工扣三倍工资显然违反了这一原则。
《工资支付暂行规定》第十六条：
- 若因劳动者的旷工行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权扣除部分工资作为赔偿，但扣除额度必须严格控制在劳动者当月工资的20%以内。同时，若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。这一规定限制了用人单位扣减工资的额度和条件，旷工扣三倍工资超出了这一法定范围。
规章制度合法性要求：
- 用人单位的规章制度要想合法有效，需满足内容合法、经过民主程序制定以及已向劳动者公示等条件。即使规章制度中规定了旷工的处罚措施，也必须合理且符合法律法规的规定，不能明显畸重。旷工扣三倍工资通常超出了合理范畴，难以被认定为合法。
处理建议与注意事项
合理扣减工资：
- 对于旷工的员工，公司通常应只扣除当天工资作为惩戒，而不是三倍工资。这是基于劳动者实际未提供劳动的事实，按照公平原则进行的合理扣减。
行政处分与解除劳动合同：
- 除了经济处罚外，公司还可以依据公司规章制度进行行政处分，如警告、记过等。在旷工行为严重违反公司规章制度或劳动纪律的情况下，公司甚至有权解除劳动合同。但这一过程必须遵循法律法规的规定，确保程序的合法性和公正性。
经济损失赔偿的合理性：
- 如果旷工行为确实给公司造成了经济损失，并且双方在劳动合同中有明确约定，公司可以要求劳动者进行赔偿。但赔偿金额和扣除工资的总额不得超过劳动者当月工资的20%，且要保证扣除后不低于当地月最低工资标准。这是法律对劳动者基本生活权益的保障，也是对公司扣减工资行为的限制。
劳动者权益保护：
- 劳动者应了解自己的权益和义务，在遇到不合理扣款时及时与公司沟通协商或寻求法律途径维护自己的合法权益。例如，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自身权益。
示例说明
假设某员工月工资为5000元，当地月最低工资标准为2000元。如果该员工旷工一天，公司不能扣除其三倍工资即15000元（这显然不可能，因为超过了其月工资总额），也不能随意扣除其他金额。合理的做法是扣除当天工资（假设按月薪30天计算，则当天工资约为166.67元），或者如果旷工给公司造成了经济损失，且双方在劳动合同中有明确约定，公司可以要求劳动者赔偿，但赔偿金额和扣除工资的总额不得超过1000元（即当月工资的20%），且扣除后剩余工资不得低于2000元。
综上所述，公司员工旷工时，公司不能扣员工3倍工资。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。