在房屋租赁合同纠纷中，关于诉讼时效三年从何时开始计算的问题，这主要取决于纠纷的具体类型以及权利人何时知道或应当知道其权利受到损害。以下是对此问题的详细解答：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，房屋租赁合同纠纷的诉讼时效通常为三年。但需要注意的是，对于延付或拒付租金的情况，诉讼时效期间为一年，这是特殊规定。不过，您询问的是三年诉讼时效的情况，所以我们主要讨论其他类型的房屋租赁合同纠纷。
二、三年诉讼时效的起算点
对于除延付或拒付租金之外的其他房屋租赁合同纠纷，如租赁房屋质量问题、提前解约（包括合同解除后的房屋腾退、损失赔偿等）、房屋损坏赔偿等，三年诉讼时效的起算点是从权利人知道或者应当知道其权利受到损害以及能够确定义务人之时开始计算。
具体来说：
合同解除纠纷：如果纠纷涉及合同解除，那么诉讼时效通常从合同解除通知到达对方之日起开始计算。例如，如果出租人向承租人发出了解除合同的通知，并且承租人已经收到该通知，那么从承租人收到通知之日起，三年诉讼时效开始计时。
房屋损坏赔偿纠纷：如果纠纷涉及房屋损坏赔偿，那么诉讼时效从出租人发现房屋因承租人使用不当等原因造成损坏，并且知道或应当知道损坏事实以及责任人时开始计算。例如，如果出租人在检查房屋时发现承租人造成了损坏，并且能够确定是承租人的责任，那么从出租人发现损坏并确定责任人之日起，三年诉讼时效开始计时。
三、诉讼时效的中止与中断
在诉讼时效期间内，如果发生特定情况，诉讼时效可能会中止或中断。
中止：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力（如自然灾害、战争等）或其他无法抗拒的原因导致权利人无法行使请求权，诉讼时效将中止。中止时效的原因消除后，再经过六个月，诉讼时效期间届满。
中断：如果在诉讼时效期间内，权利人向义务人提出了履行请求，或者义务人同意履行义务，那么诉讼时效会中断。从中断的那一刻起，诉讼时效期间将重新计算，再次为期三年。例如，如果出租人向承租人发出书面催款通知，或者承租人书面回复承诺会支付租金，都可能导致诉讼时效中断。
四、最长保护期限
需要注意的是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院通常不再提供保护。但如果存在特殊情况，权利人可以向法院申请延长诉讼时效期间，以获得法律的保护。
五、实际建议
在处理房屋租赁合同纠纷时，权利人应充分了解并关注诉讼时效问题。一旦发现自己的权益受到损害，应及时采取行动，如与对方协商、发出书面通知、提起诉讼等，以确保在法定的诉讼时效期间内维护自己的权益。同时，也应注意保留相关证据，以便在需要时证明自己的权利受到损害以及义务人的身份。
综上所述，房屋租赁合同纠纷中三年诉讼时效的起算点取决于纠纷的具体类型以及权利人何时知道或应当知道其权利受到损害。权利人应依据相关法律法规，结合自身实际情况，合理行使权利，确保合法权益得到有效维护。