关于员工违反安全规定时公司是否可以罚款，以及公司处罚流程如何才算合法合规的问题，这确实是一个涉及劳动法和企业管理制度的复杂议题。以下是我为您提供的详细解答：

一、公司是否有权对员工进行罚款？

1. 法律法规层面：

   • 现有法律法规及司法解释并未明确规定企业是否有权对员工进行罚款。
   • 曾经赋予企业对职工行政处分或经济处罚权利的《企业职工奖惩条例》已于2008年1月被废止。
   • 现行的劳动法、劳动合同法对此未作明确规定。

2. 司法实践观点：

   • 无权罚款说：认为企业不等于行政执法机关，无权对职工的违法行为进行罚款。企业应通过其他方式（如绩效考核、警告、解雇等）来管理员工。
   • 有权罚款说：认可企业处罚权不等于行政机关处罚权，企业享有经营自主权。根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释(一)》第50条，经民主程序制定、不违法的并向员工公示的企业规章制度，对员工有约束作用。因此，企业有权对严重违反内部管理制度的员工行使罚款权，但需注意罚款的限度，确保罚款后员工工资不低于当地最低工资水平。

3. 地区差异：

   • 不同地区对罚款的规定存在差异。例如，深圳经济特区允许用人单位依照规章制度对劳动者实施经济处分，但单项和当月累计处分金额不得超过该劳动者当月工资的百分之三十。
   • 广东地区则明确禁止用人单位在规章制度中约定罚款内容。

二、公司处罚流程如何才算合法合规？

1. 制定合法合规的规章制度：

   • 企业应通过民主程序制定规章制度，确保内容合法、不违反国家法律、行政法规及政策规定。
   • 规章制度应明确规定员工违反安全规定的具体情形及相应的处罚措施。

2. 向员工公示并得到认可：

   • 规章制度制定后，企业应向员工公示，并确保员工了解并认可其中的内容。
   • 公示方式可以包括员工手册、内部公告、培训会议等。

3. 实施处罚时遵循程序正义：

   • 在对员工进行处罚前，企业应确保员工有陈述和申辩的机会。
   • 处罚决定应基于事实和证据，确保公正、合理。

4. 注意罚款的限度：

   • 如果企业选择罚款作为处罚措施，应确保罚款金额合理，且罚款后员工工资不低于当地最低工资水平。
   • 最好避免直接罚款，而是通过绩效考核降低其奖励性收入来体现处罚。

5. 记录并保存处罚证据：

   • 企业应对处罚过程进行记录，并保存相关证据，以备未来可能出现的劳动争议。

三、具体案例分析

以您提供的案例为例，某煤业公司依据《“三违”管理制度》对王某进行罚款，但法院最终判决返还罚款。原因在于：

• 煤业公司未能证明其在制定安全生产管理制度过程中履行了法定程序并向员工进行了公示。
• 王某在罚款时处于工伤治疗的停工留薪期，其工资福利待遇依法不应被扣减。

四、建议

1. 企业应谨慎使用罚款权：考虑到法律法规的不明确性和地区差异，企业应谨慎使用罚款权，避免引发劳动争议。
2. 完善内部管理制度：企业应通过民主程序制定合法合规的规章制度，并明确规定员工违反安全规定的处罚措施。
3. 加强员工培训：企业应加强对员工的安全培训，提高员工的安全意识，减少违规行为的发生。
4. 寻求法律咨询：在涉及罚款等敏感问题时，企业应寻求专业法律咨询，确保处罚流程的合法合规性。

综上所述，公司是否有权对员工进行罚款以及处罚流程如何才算合法合规，取决于具体的法律法规、地区差异以及企业内部管理制度的完善程度。企业应谨慎使用罚款权，并通过合法合规的方式管理员工。