结论：建筑挂靠公司冻结时，是否会执行被挂靠人的工程款，需根据具体情况判断，包括挂靠协议的约定、工程款的实际归属以及法律程序等因素。
分析说明：
挂靠协议的约定：
- 挂靠协议是挂靠人与被挂靠人之间关于挂靠事宜的约定，其中可能涉及工程款的支付、归属及风险承担等条款。
- 如果挂靠协议中明确约定工程款归被挂靠人所有，且挂靠人无权处置，那么在挂靠公司冻结时，理论上不应执行被挂靠人的工程款。
- 反之，如果挂靠协议中存在模糊条款或未明确约定工程款归属，则可能引发争议，需要依据其他证据和法律规定来判断。
工程款的实际归属：
- 工程款的实际归属是判断是否会执行被挂靠人工程款的关键因素。
- 如果工程款确实属于被挂靠人，且被挂靠人能够提供充分的证据证明这一点，如合同、发票、付款记录等，那么法院在执行时通常会考虑保护被挂靠人的合法权益。
- 如果工程款存在争议或归属不明，法院可能会根据具体情况进行裁决，这可能涉及对挂靠协议的解读、对工程款支付情况的审查等。
法律程序：
- 在挂靠公司冻结的情况下，如果债权人申请执行被挂靠人的工程款，需要遵循法律程序。
- 法院在执行前会对相关证据进行审查，包括挂靠协议、工程款支付情况等，以确定工程款的实际归属和是否应执行。
- 如果被挂靠人认为执行行为侵犯了其合法权益，可以依法提出执行异议或申请复议。
特殊场景：
- 在某些情况下，即使挂靠协议中约定工程款归被挂靠人所有，但如果挂靠人以被挂靠人的名义进行经营活动并产生了债务，债权人可能仍有权要求执行被挂靠人的财产（包括工程款）以清偿债务。这取决于具体的法律规定和案件事实。
行动建议：
- 审查挂靠协议：被挂靠人应仔细审查挂靠协议中的条款，特别是关于工程款支付和归属的约定，以确保自身权益得到保护。
- 保留证据：被挂靠人应保留与工程款支付相关的所有证据，如合同、发票、付款记录等，以便在需要时提供证明。
- 咨询专业律师：如果面临挂靠公司冻结或执行被挂靠人工程款的情况，建议及时咨询专业律师，以了解具体法律程序和应对策略。
法律依据：
- 具体法律依据需根据案件事实和适用法律进行确定，可能涉及《中华人民共和国合同法》、《中华人民共和国民法典》中关于合同、债权债务等相关规定。在处理此类案件时，应依据最新法律法规和司法解释进行裁决。