侵犯植物发明专利权的处理方式主要分为民事救济、行政查处和刑事处罚三种途径，具体处理需结合侵权情节和权利人诉求综合判断。以下从不同角度展开说明：

1. 民事救济途径（核心维权方式）

• 确认侵权成立：权利人需先通过专利无效宣告程序（若专利被挑战）或司法/行政鉴定，证明目标植物品种落入其专利保护范围（如育种方法、基因序列等核心技术特征相同或等同）。
• 主张赔偿：可要求侵权人停止生产、销售侵权植物材料（如种子、种苗），并赔偿经济损失（包括实际损失、侵权获利或法定赔偿，最高可达500万元）。若侵权行为恶劣，还可主张惩罚性赔偿（最高为赔偿数额的5倍）。
• 证据固定：需提前通过公证购买、现场勘验、审计账目等方式固定侵权证据，必要时可申请法院证据保全（如查封侵权植物种植基地）。

2. 行政查处途径（快速制止侵权）

• 向农业农村部或地方农业部门投诉：若侵权行为涉及未经许可生产、繁殖授权品种的繁殖材料，农业部门可依据《植物新品种保护条例》责令停止侵权，没收违法所得，并处违法所得1-5倍罚款；无违法所得的，可处25万元以下罚款。
• 海关备案保护：若侵权植物材料涉及进出口，权利人可向海关申请知识产权备案，海关将扣留涉嫌侵权货物并通知权利人，由其决定是否启动行政或司法程序。

3. 刑事处罚途径（针对严重侵权）

• 假冒注册商标罪的类比适用：若侵权人伪造植物品种权证书或授权文件，以假充真销售侵权植物材料，且违法所得数额较大（通常3万元以上）或有其他严重情节，可能构成《刑法》第214条销售假冒注册商标的商品罪，最高可处7年有期徒刑。
• 注意刑事立案标准：需证明侵权人主观故意（如明知是侵权品种仍大规模生产）和客观危害后果（如造成权利人重大损失或市场秩序严重混乱）。

4. 特殊情形处理建议

• 农民自繁自用例外：根据《植物新品种保护条例》，农民可不经许可自繁自用授权品种的繁殖材料，但不得销售（包括以代繁、换工等形式变相销售）。若侵权人以农民名义大规模生产，仍可能构成侵权。
• 科研例外：科研机构为实验目的使用授权品种，通常不视为侵权，但需注意不得将繁殖材料用于商业目的。

行动建议：若发现侵权行为，建议优先通过公证取证固定证据，再根据侵权规模选择行政查处（快速制止）或民事诉讼（全面赔偿）。若涉及跨境贸易或重大经济损失，可同步向海关备案并考虑刑事报案。具体操作可进一步向我咨询，我将结合专利文本和侵权证据制定维权方案。