结论：股东退股时，公司以发工资为由拒绝支付入股钱，这一做法是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下，这种做法是不合法的。以下从不同角度进行分析：

一、股东退股与工资支付的法律关系

1. 股东退股：股东退股，即股东撤回其在公司中的投资，这通常涉及到股权的转让或公司的减资等法律程序。股东退股时，公司应当按照相关法律法规和公司章程的规定，对股东的出资进行返还或处理。

2. 工资支付：工资是员工为公司提供劳动后应得的报酬，与股东的投资行为是两个独立的法律关系。工资支付应当遵循劳动合同的约定和相关法律法规的规定，与股东退股无直接关联。

二、公司以发工资为由拒绝支付入股钱的合法性分析

1. 若股东同时是公司员工：

   • 如果股东在公司中同时担任员工职务，并领取工资，那么工资支付与股东退股是两个独立的事项。公司不能以已经支付工资为由，拒绝支付股东的入股钱。
   • 股东退股时，公司应当按照约定或法律规定，返还股东的出资或进行相应的股权处理，这与工资支付无关。

2. 若股东并非公司员工：

   • 如果股东并不在公司中担任员工职务，不领取工资，那么公司以发工资为由拒绝支付入股钱更是毫无依据。
   • 在这种情况下，公司应当直接按照股东退股的程序和规定，处理股东的出资问题。

三、可能的法律后果与建议

1. 法律后果：

   • 如果公司非法拒绝支付股东的入股钱，股东有权通过法律途径维护自己的权益，如提起诉讼或申请仲裁等。
   • 公司可能因此面临法律责任，包括返还股东的出资、支付违约金或赔偿损失等。

2. 建议：

   • 对于股东而言，在退股前应当仔细阅读公司章程和相关法律法规，了解自己的权利和义务。
   • 在与公司协商退股事宜时，应当明确退股的条件、程序和出资的处理方式等，并保留好相关证据。
   • 如果公司拒绝支付入股钱或存在其他违法行为，股东应当及时咨询专业律师，通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，股东退股时，公司以发工资为由拒绝支付入股钱，这一做法在一般情况下是不合法的。股东应当了解自己的权利和义务，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。如果你有进一步的法律问题或需要具体的法律建议，可以直接向我咨询。