结论：在儿子提起股东资格确认之诉时，诉讼的列明应主要围绕确认儿子是否为公司股东这一核心诉求进行，具体可包括将公司列为被告，并视情况将父亲或其他相关方列为第三人。

详细分析：

1. 诉讼主体确定：

   • 被告：在股东资格确认之诉中，通常将公司列为被告。因为股东资格的确认直接关系到公司在股东名册、公司章程等文件上的记载，以及公司对股东权利义务的履行。所以，儿子应将公司作为被告，要求法院确认其股东资格。
   • 第三人：如果父亲作为实际出资人或代持人，其与儿子之间的股权代持关系是本案的关键事实之一，那么父亲可以作为第三人参加诉讼。此外，如果还有其他与股权代持或股东资格确认相关的方，如其他股东或实际控制人等，也可能需要根据具体情况列为第三人。

2. 诉讼请求明确：

   • 儿子在提起诉讼时，应明确其诉讼请求，即要求法院确认其为公司股东，并可能要求公司办理相应的工商变更登记手续，将其姓名记载于股东名册、公司章程等文件中。

3. 事实与理由阐述：

   • 儿子需要详细阐述其成为公司股东的事实依据，如父亲未经其同意将其注册为公司股东的具体情况、儿子对股权代持或实际出资情况的了解程度、儿子要求确认股东资格的法律依据等。
   • 同时，儿子还需要提供相关证据来支持其诉讼请求，如股权代持协议（如有）、出资证明、公司章程、股东名册等。

4. 法律适用与程序：

   • 在诉讼过程中，儿子需要依据《公司法》及其相关司法解释等法律法规来主张其权利。
   • 儿子应遵循民事诉讼的程序规定，如提交起诉状、参加庭审、举证质证等。

特殊情况考虑：

• 如果儿子对股权代持或实际出资情况完全不知情，且父亲未经其同意擅自将其注册为公司股东，那么儿子在提起诉讼时可能需要更充分地证明其不知情且未同意的事实。
• 如果公司或其他股东对儿子的股东资格提出异议，那么儿子需要准备充分的证据来反驳这些异议，并证明其符合成为公司股东的条件。

建议：

• 在提起诉讼前，儿子应尽可能收集相关证据，并咨询专业律师以了解其权利义务和诉讼风险。
• 在诉讼过程中，儿子应积极配合法院的工作，按时提交证据、参加庭审等，以确保诉讼的顺利进行。

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