结论：要证明盗窃所得的100万与自己合法存款的100万是两笔不同的款项，关键在于提供充分的证据来证明合法存款的来源合法性，以及盗窃所得与合法存款之间无关联性。以下是从多个角度给出的详细分析和建议：
一、证明合法存款的来源
收入证明：
- 提供工资单、奖金发放记录、银行流水等，证明合法收入的存在和金额。
- 如果是经营所得，提供营业执照、税务登记证、财务报表、纳税证明等，证明经营活动的合法性和收入情况。
财产来源证明：
- 如果是继承或赠与所得，提供遗嘱、公证书、赠与协议等文件，证明财产的合法来源。
- 如果是投资所得，提供投资合同、收益分配记录等，证明投资的合法性和收益情况。
其他合法来源证明：
- 根据具体情况，提供其他能够证明存款合法来源的文件或证据，如中奖通知、赔偿协议等。
二、证明盗窃所得与合法存款无关联性
时间线证明：
- 提供银行流水、交易记录等，证明盗窃行为发生时，合法存款已经存在，且盗窃所得并未与合法存款混合。
- 如果盗窃所得在盗窃行为发生后存入银行，应提供证据证明该存款与之前的合法存款是分开的，且来源不同。
资金流向证明：
- 追踪盗窃所得的资金流向，提供相关的交易记录、转账凭证等，证明盗窃所得并未用于增加合法存款的金额。
- 如果盗窃所得被用于其他非法活动或消费，应提供相应的证据来证明这一点，以进一步区分盗窃所得与合法存款。
证人证言：
- 如果有目击者或知情人能够证明盗窃行为的发生以及盗窃所得与合法存款无关联性，可以提供其证言作为证据。
三、法律建议
及时报案并配合调查：
- 如果发现自己涉及盗窃案件，应立即向公安机关报案，并积极配合调查工作。
- 在调查过程中，如实陈述事实，提供相关证据，以证明自己的清白和合法存款的来源。
保留相关证据：
- 在日常生活中，应妥善保管与合法存款相关的所有文件和证据，如银行流水、交易记录、收入证明等。
- 如果可能的话，可以对这些证据进行公证或认证，以增加其证明力。
寻求专业法律帮助：
- 在面对复杂的法律问题时，应寻求专业律师的帮助。律师可以根据具体情况提供针对性的法律建议和辩护策略。
- 作为专业律师，我可以根据你提供的具体情况和证据，为你制定合适的辩护方案，并协助你证明合法存款的来源和盗窃所得与合法存款无关联性。
四、可能的法律后果
- 如果无法证明合法存款的来源或盗窃所得与合法存款之间的无关联性，可能会面临法律上的不利后果，如被认定为盗窃所得的共犯或面临其他刑事指控。
- 因此，务必重视证据的收集和保留工作，并在必要时寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。
最后，证明盗窃所得与合法存款是两笔不同的款项需要充分的证据和合理的解释。如果你面临这样的问题，请务必及时向我咨询并提供相关证据，以便我能够为你提供专业的法律帮助。