结论：食品经营许可证在同一地址由两个主体进行双证管理，一般情况下是不合法的，但存在特殊情况例外。
分析：
一般原则：
- 根据《中华人民共和国食品安全法》及相关规定，食品经营许可证是食品经营者从事食品经营活动的法定凭证，实行一地一证原则。这意味着，一个经营场所通常只能办理一个食品经营许可证，由一个主体持有并使用。
- 如果同一地址存在两个不同的经营主体，且都从事食品经营活动，那么它们应当分别办理各自的食品经营许可证，而不是共享或共用一个许可证。这是因为每个经营主体都有其独立的法律地位和经营行为，需要独立承担法律责任。
特殊情况：
- 尽管一地一证是原则，但也存在某些特殊情况或政策允许同一地址存在多个食品经营许可证。例如，某些大型商业综合体或食品产业园区内，可能存在多个独立的食品经营单元，这些单元虽然位于同一地址，但各自有独立的经营场所、设施设备和经营行为。在这种情况下，如果符合相关法规和政策要求，可能可以分别办理食品经营许可证。
- 另一种特殊情况是，原食品经营者将经营场所部分或全部转让给新的经营者，且新经营者继续从事食品经营活动。在这种情况下，新经营者需要办理新的食品经营许可证，而原许可证应当注销或变更。如果原经营者和新经营者在同一地址继续经营，且都符合食品经营条件，那么它们可能分别持有有效的食品经营许可证。但这种情况实际上涉及经营场所的变更和许可证的重新办理，而不是简单的“双证管理”。
法律后果：
- 如果未经许可，在同一地址由两个主体进行双证管理，即共享或共用一个食品经营许可证，这可能构成违法行为。相关监管部门有权对此进行查处，包括责令改正、罚款、吊销许可证等行政处罚。
- 如果因此导致食品安全事故或损害消费者权益，相关经营主体还可能承担民事赔偿责任甚至刑事责任。
建议：
- 对于同一地址存在多个食品经营主体的情况，建议每个主体都独立办理食品经营许可证，并确保符合相关法规和政策要求。
- 如果确实存在特殊情况或政策允许同一地址存在多个许可证，建议咨询当地食品药品监督管理部门或相关法律专业人士，以获取准确的指导和建议。
- 在任何情况下，都应严格遵守食品安全法规和相关政策要求，确保食品经营活动的合法性和安全性。
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