结论前置：在原配起诉小三归还钱款，但小三的转账金额大于原配起诉的金额的情况下，法院将综合考虑转账的性质、证据充分性、法律规定以及双方的具体行为来作出判决。小三是否需要归还，以及归还的金额，需根据法院的最终判决来确定。

详细分析：

1. 转账性质与证据：

   • 借款性质：如果小三能够证明部分转账是借款，且有借条或其他证据支持，那么这部分转账可能不需要归还，因为这是正常的债权债务关系。
   • 赠与性质：对于赠与部分，特别是大额赠与，如果原配能够证明这些赠与是用夫妻共同财产进行的，且小三明知对方已婚仍接受赠与，那么法院可能会判决这些赠与无效，小三需要归还。
   • 证据充分性：原配和小三都需要提供充分的证据来支持自己的主张。原配需要证明转账是夫妻共同财产以及转账的具体情况；小三则需要证明部分转账是借款或其他不需要归还的情形。

2. 法律规定：

   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，夫妻对共同财产有平等的处理权。一方未经另一方同意擅自处分共同财产的，该处分行为可能无效。
   • 如果小三明知对方已婚仍接受赠与，且无法提供合法有效的收款依据，那么这些赠与可能构成不当得利，小三需要归还。

3. 法院判决：

   • 法院在审理此类案件时，会综合考虑双方的主张和证据，以及法律规定和判例，作出公正、合理的判决。
   • 如果小三的转账金额大于原配起诉的金额，但其中部分转账是借款或有其他合法依据，那么法院可能会判决小三只需归还部分金额。
   • 如果小三无法提供充分证据来支持自己的主张，或者法院认定赠与行为无效，那么小三可能需要归还全部或大部分转账金额。

总结与建议：

• 在处理此类案件时，建议双方咨询专业律师，了解相关法律规定和判例，准备充分的证据来支持自己的主张。
• 同时，也建议双方反思自己的行为，尊重他人的婚姻关系，避免类似情况再次发生。
• 最终判决结果将由法院根据双方的主张、证据以及法律规定来作出，双方应尊重并履行法院的判决。