您好，关于如何向自然资源管理部门申请查询违法建筑是否有合法手续的问题，以下是我为您提供的详细解答：

首先，需要明确的是，查询违法建筑是否有合法手续，通常涉及到的是对建筑规划许可、用地许可等相关手续的核查。这类查询一般可以通过自然资源管理部门的官方网站或相关政务服务平台进行在线申请，也可以前往当地自然资源管理部门的办事窗口进行现场申请。

在线申请流程：

1. 访问官方网站：

   • 您需要访问当地自然资源管理部门的官方网站，或者相关的政务服务平台。这些平台通常会提供在线查询、在线申请等服务。

2. 查找查询入口：

   • 在网站或平台上，您需要查找与“建筑规划许可查询”、“用地许可查询”或“不动产登记信息查询”等相关的入口。这些入口可能位于网站的“政务服务”、“在线查询”或“不动产登记”等栏目下。

3. 填写查询申请：

   • 进入查询入口后，您需要按照提示填写查询申请表格。表格中通常会要求您提供建筑物的具体地址、建筑名称或相关权属人信息等，以便自然资源管理部门能够准确查询到相关信息。

4. 提交申请并等待审核：

   • 填写完查询申请后，您需要提交申请并等待自然资源管理部门的审核。审核通过后，您将能够获取到查询结果，了解该建筑是否有合法手续。

现场申请流程：

1. 准备相关材料：

   • 如果您选择前往当地自然资源管理部门的办事窗口进行现场申请，您需要准备相关材料，如身份证明、建筑物相关权属证明等。

2. 前往办事窗口：

   • 携带好相关材料后，您需要前往当地自然资源管理部门的办事窗口。

3. 填写查询申请表格：

   • 在办事窗口，您需要填写查询申请表格，并提供相关材料。工作人员会对您提供的材料进行审核。

4. 等待查询结果：

   • 审核通过后，工作人员会为您进行查询，并告知您查询结果。

注意事项：

• 在进行查询前，建议您先了解当地自然资源管理部门的具体查询规定和流程，以便更加顺利地进行查询。
• 如果您对查询结果有疑问或需要进一步了解相关信息，您可以向自然资源管理部门的工作人员进行咨询或申请复核。

此外，我还注意到您提供了一些政策文件和网上办事的参考信息。这些信息中可能包含了一些与查询违法建筑手续相关的具体规定和流程，您可以根据实际情况进行查阅和参考。但请注意，不同地区的自然资源管理部门可能有不同的查询规定和流程，因此最好以当地自然资源管理部门的官方信息为准。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。