结论前置：土地红本（即土地承包经营权证或宅基地使用权证）一直被村干部拿着，这一行为是否违法，需根据具体情况判断，但一般情况下，村干部无权长期扣留村民的土地红本，该行为可能涉嫌违法。以下从不同角度进行分析：
一、土地红本的法律性质
土地红本，无论是土地承包经营权证还是宅基地使用权证，都是村民依法取得土地使用权的法律凭证。根据《中华人民共和国农村土地承包法》和《中华人民共和国土地管理法》的相关规定，土地承包经营权证和宅基地使用权证应由土地使用权人（即村民）持有，作为其享有土地使用权的法律证明。
二、村干部扣留土地红本的可能情形及法律分析
村干部以管理为由扣留：
- 分析：村干部作为基层管理者，虽然负责土地管理相关事务，但并无权扣留村民的土地红本。土地红本是村民个人财产的一部分，其持有和使用应受法律保护。
- 建议：村民有权要求村干部归还土地红本，并可向乡镇政府或相关部门投诉，要求维护自己的合法权益。
村干部以代为保管为由扣留：
- 分析：即使村干部声称是代为保管，也缺乏法律依据。土地红本作为村民的重要法律凭证，应由村民自行保管，以确保其权益不受侵害。
- 建议：村民应明确拒绝村干部的代为保管要求，并坚持自己保管土地红本。如村干部强行扣留，村民可依法维权。
村干部因村民未履行相关义务而扣留：
- 分析：即使村民未履行某些与土地相关的义务（如未缴纳土地使用费等），村干部也无权扣留土地红本。土地红本的扣留与村民是否履行义务无直接关联，且扣留行为本身可能构成违法。
- 建议：村民应首先了解自己是否确实存在未履行义务的情况，并尽快与村干部沟通解决。如村干部仍坚持扣留土地红本，村民可依法向相关部门投诉或提起诉讼。
三、村民如何维护自己的权益
与村干部沟通：
- 村民可首先尝试与村干部进行沟通，了解扣留土地红本的具体原因，并要求其归还。
向乡镇政府或相关部门投诉：
- 如沟通无果，村民可向乡镇政府或土地管理部门投诉，要求相关部门介入调查并处理。
依法提起诉讼：
- 如村干部的行为严重侵害了村民的合法权益，村民可依法向人民法院提起诉讼，要求村干部归还土地红本并赔偿损失。
四、法律后果
- 对村干部：如村干部的行为被认定为违法，其可能面临行政处罚或民事赔偿等法律后果。
- 对村民：村民应积极维护自己的合法权益，避免因村干部的违法行为而遭受损失。
总结与建议：土地红本是村民依法取得土地使用权的法律凭证，应由村民自行保管。村干部无权长期扣留村民的土地红本。如遇到此类情况，村民应积极与村干部沟通、向相关部门投诉或依法提起诉讼，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。