针对检察院认定肇事人有罪但不诉的情况下，驾驶人的机动车驾驶证应如何进行行政处罚的问题，结论如下：

驾驶证的具体处理需依据事故性质、责任认定及《道路交通安全法》等相关法律法规综合判断，可能涉及吊销、暂扣或罚款等行政处罚。以下从不同情形展开分析：

一、构成犯罪但因法定情形不起诉的情形

1. 吊销驾驶证
   根据《道路交通安全法》第一百零一条，若交通肇事行为构成犯罪（如死亡一人以上负主要责任），即使检察院因情节轻微、犯罪情节显著轻微不需要判处刑罚或免除刑罚等法定情形作出不起诉决定，公安机关交通管理部门仍可依法吊销机动车驾驶证。

   • 禁驾期限：
     
     • 造成交通事故后逃逸的，吊销驾驶证且终生不得重新取得；
       
     • 普通交通肇事犯罪被吊销后，通常禁驾2年，期满后可重新报考驾校考取驾驶证。

2. 特殊情节处理

   • 若存在自首、立功等从宽情节，驾驶证处理可能因具体情况而异，但仍需对交通违法行为进行处罚，包括吊销驾驶证。

二、不构成犯罪的一般交通肇事违法情形

1. 处理原则
   若交通肇事行为未达犯罪标准，仅构成一般违法（如轻微剐蹭），检察院因情节轻微作出酌定不起诉决定，公安机关交通管理部门将依据事故情节和违法情况进行行政处罚。

2. 具体处罚措施

   • 扣分：根据《机动车驾驶证申领和使用规定》，按具体违法行为扣分（如闯红灯扣6分）；
     
   • 罚款：依法处以罚款（如违反信号灯通行罚20-200元）；
     
   • 暂扣或吊销驾驶证：严重违法（如饮酒后驾驶）可能面临暂扣6个月驾驶证并罚款1000-2000元；再次饮酒后驾驶则吊销驾驶证并处罚款及拘留。

三、证据不足不起诉的情形

若现有证据无法证实犯罪事实，检察院作出存疑不起诉决定，驾驶证处理仍需以交警部门依据事故调查结果作出的行政决定为准。例如：

• 若事故责任认定未达吊销标准，驾驶证可能不受直接影响；
  
• 若存在其他违法行为（如超速、酒驾），仍需按《道路交通安全法》处罚。

四、后续处理建议

1. 核实行政处罚决定
   主动联系办案交警部门，明确驾驶证是否被吊销、暂扣或罚款，并获取书面处罚决定书。

2. 申请行政复议或诉讼
   对处罚有异议的，可在法定期限内向作出决定的机关上级主管部门申请复议，或直接向人民法院提起行政诉讼。

3. 关注驾驶证状态
   通过交管12123APP等平台定期查询驾驶证状态，及时处理违法记分、审验等业务，避免因异常状态影响使用。

五、地区差异提示

不同地区对交通肇事罪不起诉后驾驶证的处理规定可能存在差异，具体应依据当地交通管理法律法规及政策确定。例如，部分地区可能对禁驾期限有更严格的规定。

总结：驾驶证的行政处罚需结合事故性质、责任认定及法律规定综合判断。建议当事人及时咨询当地交警部门或向我进一步提问，以确保合法权益得到保障。