使用劣药的违法所得计算，主要依据的是销售劣药所获得的全部收入，在扣除合法成本后的金额。具体来说，违法所得的计算可以归纳为以下几点：
违法所得的基本定义：
- 违法所得通常指的是行为人通过违法行为所获得的全部收入，在扣除直接用于违法活动的合理支出后的剩余部分。在销售劣药的情境中，这主要指的是销售劣药所获得的货款，在扣除进货成本、运输费用等直接相关成本后的金额。
违法所得的计算方法：
- 公式表示：违法所得 = 销售收入 - 合法成本
- 销售收入：指的是销售劣药所获得的全部货款，包括现金、转账等所有形式的收入。
- 合法成本：指的是与销售劣药直接相关的合理支出，如进货成本、运输费用、仓储费用等。这些成本必须是合法且必要的，且能够提供相应的证据予以证明。
特殊情况下的处理：
- 如果无法准确区分合法成本与非法成本，或者行为人故意隐瞒、转移违法所得，那么可能会根据相关法律法规，对全部销售收入进行没收，或者处以更严厉的处罚。
- 在某些情况下，如果行为人能够主动配合调查，如实交代违法所得的情况，并积极退赃，那么可能会根据具体情况，从轻或减轻处罚。
法律后果：
- 根据《中华人民共和国药品管理法》等相关法律法规，销售劣药是违法行为，一旦查实，将面临没收违法所得、罚款、吊销许可证等行政处罚，甚至可能构成犯罪，依法追究刑事责任。
举例说明：
假设某药店销售了一批劣药，销售收入为10万元，其中进货成本为6万元，运输费用为1万元，那么该药店的违法所得就是10万元（销售收入）- 6万元（进货成本）- 1万元（运输费用）= 3万元。这3万元就是药店因销售劣药而获得的违法所得，将面临法律的制裁。
建议：
- 如果你或你身边的人涉及销售劣药的行为，建议立即停止违法行为，并主动配合相关部门的调查。
- 如果你对违法所得的计算或相关法律后果有疑问，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况，提供详细的法律解释和建议。