系统延迟入账是否算逾期，需根据具体情况来判断，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

一、合同约定角度

1. 合同中有明确约定：如果双方在合同中明确规定了款项到账的具体时间，并且约定了延迟到账即视为逾期的情况，那么系统延迟入账就应当被视为逾期。在这种情况下，延迟入账的一方可能需要承担违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。

2. 合同中无明确约定：如果合同中没有明确规定款项到账的具体时间，或者虽然规定了时间但并未明确延迟到账即视为逾期，那么系统延迟入账就不一定构成逾期。此时，需要结合实际情况、交易习惯以及公平原则等因素来综合判断。

二、法律规定角度

1. 一般原则：在法律上，逾期通常指的是未按照约定的时间履行义务。如果系统延迟入账是由于非人为因素（如系统故障、网络问题等）导致的，且延迟时间较短，且未给对方造成实际损失，那么可能不会被认定为逾期。

2. 特殊规定：在某些特定领域或交易中，法律可能对逾期有更为严格的规定。例如，在金融领域，银行转账等支付系统通常有严格的时间要求，如果延迟入账可能涉及违反金融法规或监管要求，此时即使合同中没有明确约定，也可能被视为逾期。

三、实际操作建议

1. 及时沟通：如果发生系统延迟入账的情况，建议及时与对方沟通，说明情况并协商解决方案。通过沟通，可以避免不必要的误解和纠纷。

2. 保留证据：在沟通过程中，建议保留好相关证据，如转账记录、系统故障通知等。这些证据在后续可能发生的纠纷中可能起到关键作用。

3. 寻求法律帮助：如果双方无法就延迟入账是否构成逾期达成一致意见，或者因此产生了纠纷，建议寻求专业法律帮助。作为专业律师，我可以根据具体情况提供法律意见和解决方案。

总结来说，系统延迟入账是否算逾期需根据合同约定、法律规定以及实际情况来综合判断。在处理此类问题时，建议及时沟通、保留证据，并在必要时寻求法律帮助。如果你有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。