还款成功但系统延迟入账是否算逾期，主要取决于贷款机构的具体规定以及双方是否在合同中明确约定了相关条款。 以下从不同角度进行分析：
一、不算逾期的情况
存在明确约定或沟通：
- 如果借款人与贷款机构就还款延迟入账事宜进行了充分沟通，并获得了贷款机构的明确同意或确认，且贷款机构在系统中进行了相应备注或调整，那么即使还款资金因系统延迟而未能及时入账，也不应被视为逾期。
- 例如，在信用卡还款中，若持卡人因特殊原因（如系统故障、网络问题等）导致还款延迟，但及时与银行沟通并获得了银行的谅解和确认，银行可能会根据实际情况调整还款记录，避免产生逾期。
合同中有明确规定：
- 如果贷款合同或相关协议中明确规定了还款延迟入账的处理方式，如给予一定的宽限期或不计入逾期等，那么借款人应按照合同约定执行，此时延迟入账不应被视为逾期。
二、算逾期的情况
未经贷款机构同意：
- 如果借款人未经贷款机构同意，就擅自认为还款会延迟入账而未采取积极措施（如及时与贷款机构沟通、提供还款证明等），导致还款资金未能及时到账，那么即使最终还款成功，也可能因违反合同约定而被视为逾期。
未按照约定或规定操作：
- 即使借款人与贷款机构就还款延迟入账事宜进行了沟通，但如果借款人未按照贷款机构的要求或规定进行操作（如未在规定时间内提供还款证明、未按照新约定的还款方式和时间进行还款等），也可能导致还款被视为逾期。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 提前沟通：如果借款人预计还款可能会因系统延迟等原因而未能及时到账，应提前与贷款机构沟通并说明情况，寻求贷款机构的谅解和支持。
- 保留证据：借款人应保留好还款凭证、沟通记录等相关证据，以便在出现争议时能够证明自己的还款行为和贷款机构的同意或确认。
- 关注合同条款：借款人在签订贷款合同时，应认真阅读合同条款，特别是关于还款、逾期等方面的具体规定，确保自己能够充分了解并遵守合同义务。
逾期后果：
- 如果还款被视为逾期，借款人可能会面临信用受损、被收取逾期利息、违约金等不利后果。这些后果不仅会增加借款人的经济负担，还可能对其未来的借贷能力产生负面影响。
总结来说，还款成功但系统延迟入账是否算逾期，取决于贷款机构的具体规定、合同中的约定以及借款人的实际还款行为。 因此，在处理此类问题时，借款人应综合考虑各方面因素并遵循相关法律法规和合同约定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。