您好，关于您提到的“与军人结婚女方家庭有案底怎么办”的问题，这主要涉及到军婚的特殊性和相关法律规定。
首先，需要明确的是，军婚因其特殊性，受到法律的特别保护。这是为了维护部队广大官兵的切身利益，消除军人的后顾之忧，以及维护军队的稳定。因此，在军婚的审查上，确实会相对严格一些。
然而，就您所提的问题而言，女方家庭的案底通常不会直接影响军婚的登记或有效性。军婚的审查主要关注的是双方当事人的个人情况，如年龄、婚姻状况、直系血亲和三代以内旁系血亲关系等，以及现役军人需要提交的相关证件和部队出具的军人婚姻登记证明。
当然，如果女方家庭成员的案底涉及到严重违法犯罪行为，且该行为与女方本人有直接关联，或者可能对军婚产生不良影响（如涉及破坏军婚等违法行为），那么这种情况可能会在军婚审查过程中被考虑。但这种情况相对特殊，且需要具体证据来支持。
一般建议：
如实告知：在准备与军人结婚时，如果女方家庭有案底，建议女方如实向军人伴侣说明情况，以便双方能够共同面对和解决问题。
咨询相关部门：如果担心家庭案底会对军婚产生影响，可以咨询当地的婚姻登记机关或部队相关部门，了解具体的政策和规定。
遵守法律法规：无论家庭情况如何，双方都应遵守国家的法律法规，尊重军婚的特殊性，共同维护军婚的稳定和幸福。
总之，女方家庭的案底通常不会直接影响军婚的登记或有效性，但具体情况还需根据相关法律法规和政策来判断。如果您有任何进一步的疑问或需要更详细的解答，请随时咨询相关部门或专业人士。