针对您提出的“军人结婚女方父母有案底怎么办”这一问题，首先需要明确的是，女方父母的案底通常不会直接影响军人的婚姻状况或军人的个人权益。军人的婚姻主要受到《中华人民共和国民法典》以及军队相关婚姻管理规定的调整，而这些法律法规并未将女方父母的案底作为军人婚姻是否有效的考量因素。
一、法律层面分析
婚姻自主权：根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，婚姻是男女双方基于自愿原则而建立的民事法律关系。只要男女双方符合法定结婚条件（如年龄、无禁止结婚的亲属关系等），并自愿结婚，即可依法登记结婚。女方父母的案底并不构成禁止结婚的理由。
军人婚姻的特殊性：虽然军人婚姻在军队管理中有一些特殊规定，如军人配偶需符合一定的政治条件等，但这些规定主要针对的是军人配偶本人，而非其父母。因此，女方父母的案底通常不会成为军人婚姻的障碍。
二、实际操作建议
了解军队婚姻管理规定：虽然女方父母的案底不影响军人婚姻，但为了确保婚姻的顺利进行，建议军人及其未婚妻（或妻子）了解并遵守军队关于婚姻管理的相关规定。这有助于避免在婚姻登记或后续生活中出现不必要的麻烦。
坦诚沟通：在筹备婚姻的过程中，军人应与未婚妻（或妻子）坦诚沟通，了解彼此的家庭背景、个人情况等。这有助于增进彼此的了解和信任，为婚姻的幸福奠定基础。
寻求专业咨询：如果军人或其未婚妻（或妻子）对女方父母的案底问题存在疑虑或担忧，可以寻求专业律师或军队法律顾问的咨询。他们可以根据具体情况提供专业的法律意见和建议，帮助军人及其家庭更好地应对这一问题。
三、特殊情况考虑
虽然女方父母的案底通常不会直接影响军人的婚姻，但在某些特殊情况下（如女方父母涉及严重犯罪、危害国家安全等），可能会对军人的政治审查或职务晋升等产生一定影响。然而，这种情况较为罕见，且需要具体问题具体分析。
总结：女方父母的案底通常不会直接影响军人的婚姻状况或军人的个人权益。在筹备婚姻的过程中，军人应与未婚妻（或妻子）坦诚沟通，了解并遵守军队关于婚姻管理的相关规定。如有疑虑或担忧，可以寻求专业律师或军队法律顾问的咨询。