仲裁协议一般不能突破法院的专属管辖，但在满足一定条件的情况下，合法有效的仲裁协议有可能排除法院的专属管辖。以下是对此问题的详细分析：
一、仲裁协议不能突破专属管辖的一般原则
专属管辖是法律强制规定的，某类案件只能由特定法院管辖的制度，具有极强的排他性、优先性与强制性。它通常涉及国家公共利益或重大社会利益，如因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院专属管辖。在此类纠纷中，即使当事人达成了仲裁协议，该协议中涉及专属管辖事项的部分也可能会被认定无效，因为专属管辖的目的在于维护国家的司法主权、社会公共利益以及法律适用的确定性和统一性。
二、仲裁协议可能排除专属管辖的特殊情形
尽管专属管辖具有极强的排他性，但在某些特殊情况下，一个合法有效的仲裁协议仍然有可能排除法院的专属管辖。这主要基于以下几点考虑：
法律依据：根据《中华人民共和国民事诉讼法》和《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，如果双方当事人已经达成了书面的仲裁协议并申请仲裁，且该仲裁协议符合法定有效要件（如双方真实意思表示、仲裁事项明确、选定了合法的仲裁机构等），那么他们就不能再向人民法院起诉，而应该向仲裁机构申请仲裁。这意味着，在满足一定条件的情况下，仲裁协议可以排除法院的管辖，包括专属管辖。
不得违反法律强制性规定：虽然仲裁协议可以排除专属管辖，但这一排除必须是明确的、有效的，且不能违反法律的强制性规定。如果涉及国家利益、公共秩序等重大问题，或者仲裁协议的排除违反了法律的明确规定，那么法院可能会保留对案件的管辖权。
三、司法实践中的综合判断
在司法实践中，对于仲裁协议能否排除专属管辖的认定，法院会综合考虑各种因素，包括但不限于纠纷的性质、法律规定、当事人的意思表示以及仲裁协议的具体内容等。例如，如果仲裁协议是在纠纷发生后达成的，且双方均明确表示愿意通过仲裁解决纠纷，同时该仲裁协议也符合法定有效要件，那么法院可能会认定该仲裁协议有效，并排除法院的专属管辖。然而，如果仲裁协议存在瑕疵或违反法律强制性规定，或者纠纷性质属于专属管辖范围且无法通过仲裁解决，那么法院可能会保留对案件的管辖权。
四、建议与注意事项
明确仲裁协议内容：当事人在签订仲裁协议时，应明确仲裁事项、仲裁机构以及仲裁规则等关键内容，以确保仲裁协议的有效性和可执行性。
了解专属管辖范围：在签订仲裁协议前，当事人应了解相关纠纷是否属于专属管辖范围，以避免因仲裁协议无效而引发不必要的法律纠纷。
寻求专业法律意见：如果当事人对仲裁协议能否排除专属管辖存在疑问或争议，建议寻求专业律师的法律意见，以确保自身权益得到有效保障。
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