结论：学生毕业时签订的第三方协议（通常指就业协议）使用合同章是否合适，需根据具体情况及协议性质来判断，一般而言，就业协议使用合同章并非绝对不可，但需确保该章具有代表用人单位签订就业协议的效力，且协议内容符合就业协议的法律要求。以下从多个角度进行分析：
一、就业协议与劳动合同的区别
主体与性质：
- 就业协议：主体包括毕业生、用人单位和学校，是毕业生与用人单位关于将来就业意向的初步约定，属于民事协议范畴。
- 劳动合同：主体仅为劳动者与用人单位，是确立双方劳动关系、明确权利义务的重要法律文件，具有更强的法律约束力。
签订时间与内容：
- 就业协议：通常在毕业生毕业前签订，主要约定毕业生的基本情况、就业意向、用人单位的接收意愿等。
- 劳动合同：在毕业生到用人单位报到后签订，必须明确劳动合同期限、工作内容、劳动保护、劳动条件、劳动报酬等必备条款。
二、合同章的使用
合同章的效力：
- 合同章是用人单位用于签订合同的一种印章，具有代表用人单位签订合同的法律效力。但具体效力需根据用人单位的内部规定和印章管理政策来确定。
- 如果用人单位明确规定合同章可用于签订就业协议，且该章在签订时具有代表用人单位的真实意愿，则使用合同章签订就业协议是合法的。
就业协议的特殊性：
- 就业协议虽然属于民事协议范畴，但其签订涉及毕业生的就业权益和学校的就业管理职责。因此，在签订就业协议时，应确保协议内容的合法性和有效性。
- 如果就业协议使用合同章签订，但用人单位内部规定或印章管理政策不允许合同章用于签订此类协议，或者该章在签订时并未得到用人单位的授权或认可，则可能导致协议无效或产生纠纷。
三、法律建议
核实印章效力：
- 在签订就业协议前，毕业生应核实用人单位合同章的效力，确保该章具有代表用人单位签订就业协议的权限。
- 可以要求用人单位提供印章管理政策或相关授权文件，以证明合同章的合法性和有效性。
明确协议内容：
- 就业协议应明确约定毕业生的基本情况、就业意向、用人单位的接收意愿、学校的派遣等事项，并符合相关法律法规的规定。
- 避免使用模糊或歧义的条款，确保协议内容的清晰性和可执行性。
咨询法律意见：
- 如果对就业协议的签订或合同章的使用存在疑问，毕业生可以咨询专业律师或学校就业指导部门的意见，以确保自身权益得到保障。
四、可能后果
协议无效：
- 如果就业协议使用合同章签订，但该章并不具有代表用人单位签订此类协议的效力，或者协议内容违反法律法规的规定，则可能导致协议无效。
纠纷产生：
- 协议无效或存在瑕疵可能导致毕业生与用人单位之间产生纠纷，影响毕业生的就业权益和学校的就业管理秩序。
总结：学生毕业时签订的第三方协议（就业协议）使用合同章需谨慎对待。在签订前，应核实印章的效力、明确协议内容，并在必要时咨询法律意见。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。