农村承包土地登记在小儿子名下是否合法，需分情况讨论，关键在于是否符合法定程序和家庭内部约定。具体分析如下：

1. 若土地承包经营权原本属于家庭共有，且家庭内部协商一致将承包地登记在小儿子名下
   根据《农村土地承包法》第十六条，家庭承包的承包方是本集体经济组织的农户，承包地以“户”为单位分配。若家庭内部通过协商（如分家协议、书面约定等）明确将承包地由某一子女继续承包，且该约定不违反法律强制性规定（如未损害其他家庭成员合法权益、未改变土地用途等），则登记在小儿子名下是合法的。
   需注意：协商结果需以书面形式固定（如分家协议、家庭会议记录），并经全体家庭成员签字确认，避免后续纠纷。

2. 若土地承包经营权原属于父母或其他家庭成员，未经合法程序直接登记在小儿子名下
   若承包地原由父母或其他家庭成员承包，未经家庭内部协商或集体经济组织同意，擅自将土地登记在小儿子名下，可能涉及以下违法情形：

   • 违反《农村土地承包法》程序要求：承包地变更需经发包方（村集体）备案或同意，若未履行程序，登记行为可能无效；
     
   • 侵害其他家庭成员权益：若其他家庭成员对承包地享有权益（如共同承包人），未经其同意的变更可能构成侵权，其他成员可要求撤销登记或主张赔偿。

3. 若涉及土地流转或继承，需符合特定条件

   • 流转情形：若小儿子通过转包、出租等方式取得土地经营权，需签订书面流转合同并报发包方备案，否则流转行为可能无效；
     
   • 继承情形：承包地不属于个人遗产，不能直接继承。但若家庭户内成员减少（如父母去世），剩余成员可继续承包原土地，此时登记在小儿子名下需以“户”为单位调整，而非个人继承。

建议：

• 若家庭内部已协商一致，建议签订书面分家协议并报村集体备案，确保登记合法性；
  
• 若存在争议，可先通过村集体或人民调解委员会协商，协商不成可向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向法院起诉。
  

如有具体细节需要进一步分析（如分家协议内容、土地流转方式等），可直接向我咨询。