纪委对虚开发票多报销5000元职工的处理，需结合违纪性质、情节轻重及单位制度综合判定，可能涉及党纪处分、组织处理及追缴款项，具体如下：

1. 定性：虚开发票多报销属于违纪行为

根据《中国共产党纪律处分条例》及《中华人民共和国公职人员政务处分法》，虚开发票套取资金的行为可能构成“贪污”或“违反财经纪律”。若职工为党员或公职人员，其行为可能同时违反党纪和政纪；若为普通企业职工，则主要依据单位内部规章制度或《劳动合同法》处理。

2. 处理方式：分情节轻重采取不同措施

• 情节较轻（如初犯、金额较小、主动退赔）：
  纪委可能采取批评教育、诫勉谈话、书面检查等组织处理措施，并要求职工退还多报销的5000元。若单位有内部财务制度，可能同步给予警告、记过等处分。
  
• 情节较重（如多次虚报、金额较大、拒不退赔）：
  若涉及党员或公职人员，纪委可能依据《中国共产党纪律处分条例》给予警告、严重警告、撤销党内职务等党纪处分；若构成职务违法，可能移送监察机关给予政务处分（如记过、记大过、降级等）。同时，单位可依据《劳动合同法》解除劳动合同，并追究民事赔偿责任。
  
• 涉嫌犯罪（如金额巨大、伪造凭证、团伙作案）：
  若虚开发票行为涉嫌贪污罪或诈骗罪（如通过虚构交易骗取公款），纪委将移送司法机关处理。根据《刑法》，贪污数额较大（3万元以上）可处三年以下有期徒刑；数额巨大（20万元以上）可处三年以上十年以下有期徒刑。
  

3. 关键程序：调查与权利保障

纪委处理需遵循法定程序：

• 初步核实：对举报线索进行调查，确认是否存在违纪事实；
  
• 立案审查：对涉嫌违纪的职工立案，开展详细调查并形成证据链；
  
• 审理与处分：根据调查结果提出处分建议，经集体讨论后作出决定；
  
• 申诉权利：职工对处分决定不服的，可按程序提出申诉，纪委需复核并答复。
  

4. 实务建议

• 职工角度：若已被调查，应积极配合说明情况，主动退赔款项以争取从轻处理；若认为处理不当，可依法申诉。
  
• 单位角度：应完善财务报销制度，明确虚开发票的处罚条款，并定期开展合规培训，降低风险。
  

提示：具体处理需结合单位性质（如国企、私企）、职工身份（如党员、公职人员）及地方规定，建议提供更多细节进一步分析。