单位部门制定的规定，在符合一定条件下，员工是必须遵守的。这主要基于以下几点原因和条件：
一、规章制度对员工的约束力来源
法律法规依据：根据《劳动法》和《劳动合同法》的相关规定，用人单位有权依法建立和完善劳动规章制度，这些规章制度在合法合规的前提下，对劳动者具有约束力。这是用人单位规范管理及经营自主权的需要，也是保障劳动者合法权益的一项法定义务。
劳动合同约定：在签订劳动合同时，双方通常会约定遵守用人单位的规章制度作为合同的一部分。因此，员工有义务遵守这些规定。
二、规章制度有效的条件
为了使规章制度对员工产生法律约束力，并成为劳动争议时的处理依据，它必须满足以下条件：
内容合法合理：规章制度的内容不得违反法律法规的强制性规定，如强制要求员工放弃带薪年休假、加班费等。同时，规章制度应当合乎常理，符合一般的社会道德和职业操守。
经过民主程序：规章制度的制定或修改应当经过职工代表大会或全体职工的讨论，提出方案和意见，并与工会或职工代表平等协商确定。这确保了规章制度的制定过程公开、透明，并充分考虑了员工的意见和利益。
向员工公示：规章制度必须向全体员工进行公示或告知，确保员工了解并知晓其内容。公示方式可以包括组织全体员工集中学习、在单位官网或公告栏发布、通过电子邮件发送等。如果规章制度未向员工公示，则对员工不产生约束力。
三、不遵守规章制度的后果
如果员工不遵守合法有效的规章制度，用人单位有权根据规章制度的规定进行相应的处理，如警告、罚款、解除劳动合同等。但需要注意的是，用人单位在处理员工时必须遵循合法、公正、合理的原则，不得滥用规章制度扩大用工管理权。
四、实际案例说明
以您提供的案例为例，甲公司以李某未按照《员工手册》的规定打卡为由解除劳动合同，但法院最终认定甲公司系违法解除。原因在于甲公司未能证明其事先将《员工手册》的内容对李某进行过告知，且李某的工作性质属于外勤，甲公司在此之前从未以打卡作为考勤证明。因此，甲公司的规章制度在未向员工公示且不符合实际情况的前提下，对员工不产生约束力。
总结
综上所述，单位部门制定的规定在内容合法合理、经过民主程序、并向员工公示的前提下，员工是必须遵守的。这些规定不仅有助于用人单位进行规范管理和经营自主权的行使，也是保障劳动者合法权益的重要依据。如果员工对规章制度有异议或建议，可以通过合法途径向用人单位提出。