在解答您的问题之前，需要明确的是，企查查等第三方平台通常是通过抓取、整合公开信息来提供企业工商登记信息的查询服务。这些信息往往来源于政府公开渠道，如市场监督管理部门等，但信息的准确性和完整性可能受到多种因素的影响，包括数据抓取的时效性、信息源的更新频率等。
针对您的问题，“被申请人工商登记信息的证据来源可以来自于企查查吗”，我的答复是：企查查等第三方平台的信息可以作为参考，但在法律程序中，通常需要更直接、更权威的证据来源。
具体来说：
信息来源的权威性：在法律程序中，证据需要具有权威性和可信度。企查查等平台虽然提供了便捷的查询服务，但其信息并非直接来源于官方登记机关，而是经过整合和抓取的。因此，在作为证据使用时，其权威性可能受到质疑。
信息的准确性和完整性：由于数据抓取和整合过程中可能存在的误差或遗漏，企查查等平台上的信息可能并不完全准确或完整。在法律程序中，这可能导致证据的效力受到影响。
官方渠道的重要性：为了确保证据的权威性和准确性，通常建议直接从官方渠道获取工商登记信息。例如，可以通过市场监督管理部门的官方网站或现场查询窗口获取企业的工商登记信息，这些信息通常具有更高的可信度和法律效力。
法律程序的要求：在不同的法律程序中，对证据的要求可能有所不同。在某些情况下，法院或仲裁机构可能要求提供官方出具的工商登记证明或类似文件作为证据。因此，在使用企查查等平台的信息作为证据时，需要了解并遵守相关法律程序的要求。
综上所述，虽然企查查等平台提供了便捷的企业工商登记信息查询服务，但在法律程序中，为了确保证据的权威性和准确性，建议直接从官方渠道获取相关信息。如果确实需要使用企查查等平台的信息作为证据，建议在使用前进行充分的核实和比对，并了解相关法律程序的要求。