结论：亲子鉴定中相似度达到0.9999（即99.99%），通常意味着被检测的两个人之间存在极高的概率是亲生关系，但具体还需结合鉴定机构的标准和检测方法来综合判断。

详细解释与分析

1. 亲子鉴定的基本原理：

   • 亲子鉴定是通过比较被检测个体之间的遗传物质（如DNA）来确定他们之间是否存在生物学上的亲缘关系。
   • 在亲子鉴定中，通常会计算累积亲权指数（CPI）或相似度等指标来评估亲缘关系的可能性。

2. 相似度99.99%的含义：

   • 相似度99.99%表示被检测的两个人之间的遗传物质匹配度非常高，几乎可以肯定他们之间存在生物学上的亲缘关系。
   • 在大多数情况下，这个相似度已经达到了认定亲生关系的标准。然而，不同鉴定机构可能采用不同的标准和阈值，因此具体还需参考鉴定机构的报告和解释。

3. 可能存在的例外情况：

   • 尽管99.99%的相似度非常高，但在极少数情况下，由于基因突变、样本污染或检测误差等因素，可能导致相似度略低于理论上的最高值。
   • 此外，如果鉴定机构采用的标准或方法较为严格，可能会要求更高的相似度才能认定亲生关系。

4. 法律建议：

   • 如果您已经进行了亲子鉴定，并得到了相似度为99.99%的结果，那么这通常是一个非常有力的证据，表明被检测的两个人之间存在亲生关系。
   • 然而，为了确保结果的准确性和可靠性，建议您选择正规、有资质的鉴定机构进行检测，并仔细阅读鉴定报告中的解释和说明。
   • 如果您对鉴定结果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。

5. 后续行动建议：

   • 如果您需要利用亲子鉴定结果来办理相关法律手续（如户口登记、继承权确认等），请确保鉴定报告符合相关机构的要求和标准。
   • 在提交鉴定报告时，请附上鉴定机构的资质证明和鉴定人的执业证书等相关文件，以增加报告的可信度和说服力。

总结：亲子鉴定中相似度达到99.99%通常意味着被检测的两个人之间存在极高的概率是亲生关系。然而，为了确保结果的准确性和可靠性，建议您选择正规、有资质的鉴定机构进行检测，并在需要时寻求专业的法律帮助。如果您有任何疑问或需要进一步的咨询，请随时向我提问。