结论：亲子鉴定相似度为99.9999%时，通常可以认定为亲生关系，但具体还需结合鉴定方法、实验室标准等因素综合判断。

详细分析：

1. 亲子鉴定的基本原理：

   • 亲子鉴定是通过比较被检测个体之间的遗传物质（如DNA）的相似度来判断是否存在亲生关系。
   • 在亲子鉴定中，通常会计算累积亲权指数（CPI），当CPI达到一定阈值（如99.99%）时，可以认定为亲生关系。

2. 相似度99.9999%的含义：

   • 相似度99.9999%意味着被检测的两个个体之间的遗传物质匹配度极高，几乎可以确定为亲生关系。
   • 在实际操作中，这样的相似度通常远超过常规认定亲生关系的阈值，因此可以较为肯定地认为是亲生。

3. 可能存在的例外情况：

   • 尽管相似度99.9999%高度指向亲生关系，但仍需考虑鉴定方法、实验室标准等因素。
   • 不同的鉴定机构或实验室可能采用不同的标准或方法，导致结果略有差异。因此，在解读鉴定结果时，应结合具体的鉴定报告和实验室标准。
   • 极少数情况下，由于基因突变或实验室误差等原因，可能导致相似度极高但并非亲生关系的情况。然而，这种情况极为罕见，且通常可以通过进一步的检测或分析来排除。

4. 法律建议：

   • 如果您已经进行了亲子鉴定并得到了相似度99.9999%的结果，且该结果符合您所在地区的实验室标准，那么您可以较为肯定地认为被检测的两个个体之间存在亲生关系。
   • 如果您对鉴定结果有任何疑问或担忧，建议咨询专业的鉴定机构或律师，以获取更详细的解释和法律建议。
   • 在涉及法律纠纷（如离婚、继承等）时，亲子鉴定结果可能作为重要证据使用。因此，确保鉴定结果的准确性和合法性至关重要。

总结：亲子鉴定相似度为99.9999%时，通常可以认定为亲生关系。但为了确保结果的准确性和合法性，建议您结合具体的鉴定报告和实验室标准进行综合判断，并在必要时咨询专业的鉴定机构或律师。如果您有任何法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。