结论：村民占用集体土地使用权几十年形成的历史遗留问题，其合法性不能一概而论，需根据具体情况判断。

1. 历史遗留问题的合法性判断原则

• 法律原则：根据《中华人民共和国土地管理法》等相关法律法规，集体土地属于农村集体所有，村民个人无权擅自占用集体土地。然而，对于历史遗留问题，法律往往采取“尊重历史、面对现实”的原则，即考虑历史背景、土地使用状况、是否经过合法程序等因素进行综合判断。

2. 可能合法的情况

• 经过合法程序：如果村民占用集体土地是经过村集体讨论决定，并报经乡镇人民政府或县级人民政府批准，且符合土地利用总体规划和城乡规划，那么这种占用行为可能是合法的。
• 长期使用且无争议：如果村民长期使用某块集体土地，且该使用行为得到了村集体的默认或认可，同时没有引发其他村民的争议或纠纷，那么在特定情况下，这种使用行为可能被视为合法或至少是被容忍的。但这种情况并不构成法律上的“合法占有”，而是基于事实状态的一种暂时稳定状态。

3. 可能不合法的情况

• 擅自占用：如果村民未经任何合法程序，擅自占用集体土地进行建设或使用，那么这种行为显然是违法的。
• 违反规划：即使村民占用了集体土地，但如果该行为违反了土地利用总体规划或城乡规划，那么这种占用行为也是不合法的。
• 引发争议：如果村民占用集体土地的行为引发了其他村民的争议或纠纷，且无法通过协商或调解解决，那么这种占用行为很可能被认定为不合法。

4. 法律后果与建议

• 法律后果：对于不合法的占用行为，村集体或相关政府部门有权要求村民停止占用、恢复原状，并可能面临罚款等行政处罚。如果占用行为构成犯罪，如非法占用农用地罪等，还可能面临刑事责任。
• 建议：
  • 对于村民：如果发现自己占用了集体土地且存在合法性疑问，建议尽快与村集体沟通，了解土地使用状况，并考虑通过合法程序补办相关手续。
  • 对于村集体：应加强对集体土地的管理和监督，及时发现并制止不合法的占用行为。对于历史遗留问题，应积极与相关部门沟通，寻求合法合理的解决方案。

5. 特殊情况处理

• 对于历史遗留问题中的特殊情况，如因历史原因造成的土地权属不清、使用状况复杂等，可能需要通过政府调解、司法裁决等方式进行解决。在这种情况下，建议相关当事人积极配合政府或司法机关的工作，提供必要的证据和资料，以便尽快明确土地权属和使用状况。

总结：村民占用集体土地使用权几十年形成的历史遗留问题，其合法性需根据具体情况判断。如果存在合法性疑问或争议，建议尽快与相关部门沟通并寻求合法合理的解决方案。如有任何法律问题或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。