当企业收到虚开发票并已入账时，这是一个严重的财务和税务合规问题，需要立即采取一系列措施来纠正错误、防范风险。以下是根据相关法律法规和会计准则提供的详细处理建议：
一、初步核查与应对措施
立即停止付款：
- 如果尚未对虚开发票进行支付，应立即停止支付流程，避免进一步的财务和法律风险。
详细记录与审查：
- 仔细核查发票的所有信息，包括发票号码、开票日期、金额、销售方或开票方信息、商品或服务描述等，确保全面了解虚开发票的情况。
- 记录发现虚开发票的时间、方式、涉及人员或部门，以及核查过程中的所有重要发现，为后续处理提供完整线索。
与开票方或供应商沟通：
- 联系开票方或供应商，询问发票的真实性及原因，要求其提供合理解释、补开或更正发票。
- 如开票方无法解释、拒绝更正或已失联，应考虑终止与其业务往来，并保留法律追责的权利。
二、账务调整与税务处理
业务未真实发生：
- 如果确认业务并未真实发生，应立即冲减相关成本或费用科目，调整账务记录。
- 同时，由于冲减成本费用会导致应纳税所得额增加，需按税法规定补缴企业所得税。
业务真实发生但发票虚开：
- 要求开票方补开、换开符合规定的发票，并确保新发票的真实性和合法性。
- 在取得合规发票前，对原入账凭证进行红字冲销，以纠正错误的账务记录。
- 取得合规发票后，重新进行正确的账务处理，确保账务记录的准确性和合规性。
向税务部门报告：
- 根据法律法规要求，及时向当地税务部门报告收到的虚开发票情况，并提交相关证据材料。
- 如已基于虚开发票进行税务申报，需向税务部门提交更正申报，并补缴税款、滞纳金（如有）。
三、税务风险应对与内部控制
主动补缴税款和滞纳金：
- 在发现虚开发票后，应主动向税务机关报告，并根据税务机关的指导和建议，补缴相应的税款和滞纳金，以降低税务风险。
配合税务机关调查：
- 积极配合税务机关的调查工作，提供必要的业务资料和证据，以证明业务的真实性（如业务确实发生）。
加强内部控制与审计：
- 对采购、财务等部门进行内部审计，查明收到虚开发票的原因，并采取措施加以改进。
- 加强员工对发票真伪的识别培训，提高防范意识。
- 完善公司内部的发票管理制度和审批流程，确保类似问题不再发生。
四、法律咨询与后续行动
- 在处理虚开发票问题的过程中，如遇复杂法律问题或不确定如何处理，应及时咨询专业的法律顾问或律师。
- 根据法律顾问的建议，采取进一步的法律行动，如与开票方协商、向税务机关申请更正或申诉等。
综上所述，企业收到虚开发票并已入账时，必须立即采取行动进行纠正和防范。通过详细记录、与开票方沟通、账务调整、税务处理、加强内部控制以及法律咨询等措施，可以有效降低法律风险和经济损失。务必遵循相关法律法规和会计准则的要求进行处理，确保企业的合法合规运营。