当员工因个人原因给公司造成损失时，赔偿的计算方式主要依据相关法律法规及劳动合同的约定，具体如下：
经济损失赔偿的计算原则：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 计算公式：每月可扣除的赔偿金额 = 劳动者当月工资 × 20%（但需确保扣除后工资不低于当地最低工资标准）。
- 示例：假设某员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。若该员工因个人原因给公司造成损失，公司决定从其工资中扣除赔偿，则每月最多可扣除1000元（5000元 × 20%），扣除后员工当月工资为4000元，高于最低工资标准，因此可行。若损失较大，需扣除的赔偿总额超过数月工资的20%总和，公司应与员工协商分期赔偿或采取其他合法方式处理。
赔偿方式的协商：
- 公司可以与员工协商具体的赔偿金额和方式，如一次性赔偿或分期赔偿。协商时应充分考虑员工的经济状况和承受能力，确保赔偿方案既合理又可行。
其他处罚措施：
- 除了经济赔偿外，公司还可以根据员工违规行为的严重程度和影响范围，采取纪律处分措施，如警告、记过、降职/降级、解除劳动合同等。这些措施应依据公司规章制度和国家法律法规进行，确保合法合规。
遵循法定程序与保障员工权益：
- 在作出处罚决定前，公司应告知员工拟作出的处罚决定及其事实、理由和依据，并听取员工的陈述和申辩。对于较重的处罚决定，还可以组织听证会，确保员工的合法权益得到保障。
- 处罚决定应以书面形式通知员工，并明确告知其申诉的途径和期限。
在处理员工因个人原因给公司造成损失的情况时，公司应注意以下几点：
- 确保损失评估的准确性和合理性：公司应全面、客观地评估损失的具体数额和性质，包括直接经济损失和间接经济损失，以便确定合理的赔偿金额。
- 遵守法律法规和公司规章制度：公司在处理员工违规行为时，必须严格遵守国家法律法规和公司规章制度，确保处罚措施的合法性和合理性。
- 注重沟通与协商：公司应与员工进行充分沟通，了解其想法和困难，协商制定合理的赔偿方案和其他处罚措施，以维护良好的劳动关系。
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