公司向合作公司讨回投资款，核心在于依据双方协议及法律规定，通过合法途径主张权利。以下是具体分析及操作建议：

1. 核查投资协议条款
   首先需全面审查双方签订的投资协议，重点关注以下条款：

   • 退出机制：协议中是否约定了投资款回收的条件、期限或触发事件（如合作项目终止、目标未达成等）；
     
   • 违约责任：若对方存在违约行为（如未按约定使用资金、未履行合作义务等），是否需承担返还投资款的责任；
     
   • 争议解决方式：是否约定了仲裁或诉讼管辖地、适用法律等，这将直接影响后续维权路径。
     若协议中有明确约定，可直接依据条款主张权利；若无约定，则需结合法律规定处理。

2. 协商与催告
   在采取法律行动前，建议先通过书面函件（如律师函）或会议形式与对方协商，明确要求返还投资款，并设定合理期限。协商时需注意：

   • 保留沟通记录（如邮件、微信、录音等），证明已履行催告义务；
     
   • 若对方承诺还款但未履行，可要求其出具书面还款计划，作为后续证据。
     协商是成本最低的解决方式，若对方配合，可避免诉讼程序。

3. 法律途径主张权利
   若协商无果，可根据具体情况选择以下法律手段：

   • 民事诉讼：
     
     • 案由选择：若对方构成违约，可提起“合同纠纷”之诉；若投资款被挪用或侵占，可考虑“侵权责任纠纷”；
       
     • 管辖法院：根据协议约定或法定管辖（如被告住所地、合同履行地）确定；
       
     • 诉讼请求：要求返还投资款、支付利息或违约金，并承担诉讼费用。
       
   • 申请财产保全：
     为防止对方转移资产，可在起诉同时申请法院冻结其银行账户、查封房产或车辆等，确保执行可行性。
     
   • 仲裁：
     若协议约定了仲裁条款，需向约定的仲裁机构提交仲裁申请，仲裁结果具有强制执行力。
     

4. 证据收集与固定
   无论选择协商还是诉讼，均需提前准备以下证据：

   • 投资协议、转账凭证（证明投资款已支付）；
     
   • 对方违约或未履行义务的证据（如项目进展报告、沟通记录、第三方鉴定报告等）；
     
   • 催告函及送达证明（证明已履行催告义务）。
     

5. 注意事项

   • 诉讼时效：民事诉讼时效为3年，自知道或应当知道权利受损之日起计算，需及时主张权利；
     
   • 执行风险：即使胜诉，若对方无财产可供执行，可能面临执行难问题，建议提前调查对方资产状况；
     
   • 商业考量：若双方仍有合作可能，可权衡诉讼成本与商业利益，选择更灵活的解决方案（如分期还款、股权置换等）。
     

建议行动步骤：

1. 整理投资协议及相关证据；
   
2. 向对方发送律师函催告还款；
   
3. 若未果，委托律师起草诉状并申请财产保全；
   
4. 全程跟进诉讼程序，确保权利实现。
   

如有进一步细节需分析（如协议具体条款、对方违约情形等），可直接向我咨询，我将结合实际情况提供更精准的建议。