结论：公司三个月不发工资时，员工罢工行为的合法性并非绝对，而是取决于罢工的目的、程序及手段是否符合法律法规。合法、有序的罢工行为通常不被视为违法，但擅自、违法的罢工则可能承担法律责任。以下是对此问题的详细分析：
一、合法罢工的情况
目的正当性：
- 员工享有取得劳动报酬的法定权利。当公司拖欠工资时，员工有权采取合法措施维护自身权益。罢工若是为了迫使用人单位支付拖欠工资，且未违反法律禁止性规定（如未扰乱社会秩序、未使用暴力等），通常被视为合法抗争行为。
程序合法性：
- 员工应首先尝试与公司进行协商，或通过工会组织反映情况。若协商无果，可以向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等，这些均属于合法途径。在此过程中，短暂、有序的停工行为，作为向用人单位施加合理压力的手段，一般不被认定为违法。但需注意，我国法律并未明确赋予劳动者罢工权，因此罢工行为需谨慎进行，避免触犯法律。
特殊行业限制：
- 对于涉及公共利益和国家安全的特殊行业（如供水、供电、医疗、交通等），员工即使有合理诉求，也应通过特殊程序和方式解决，避免直接罢工以免影响公共利益。
二、违法罢工的情况
手段违法性：
- 如果罢工过程中采取了暴力、威胁或其他违法手段，严重影响了社会秩序、公共安全或用人单位的正常生产经营秩序，则构成违法行为。破坏生产设备、打伤管理人员等行为，可能构成违法犯罪，需承担相应的法律责任。
扰乱公共秩序：
- 罢工行为若扰乱了公共秩序，造成了严重的社会影响，也可能被视为违法行为。例如，罢工导致交通瘫痪、医院无法正常运营等，都可能触犯法律。
未经合法程序：
- 员工在未与公司协商、未通过合法渠道反映诉求的情况下，擅自离岗、停工，给公司造成重大损失或严重影响生产经营秩序，这种行为可能被认定为违法。公司有权依据劳动合同和内部规章对员工进行处罚，甚至解除劳动合同。
三、合法建议
- 优先通过合法途径解决：在面临工资拖欠问题时，员工应优先通过协商、调解、仲裁等合法途径解决争议。这些途径不仅合法有效，而且能够避免不必要的法律风险。
- 及时投诉与仲裁：若双方无法自行协商解决，员工应及时向劳动监察部门投诉，或申请劳动仲裁等法定程序。这些程序能够为员工提供法律保障，确保员工的权益得到维护。
- 避免过激行为：员工应避免采取过激或违法的罢工行为，以免对自身权益造成不必要的损害。罢工不仅可能触犯法律，还可能影响员工的职业声誉和未来发展。
四、法律依据
- 《中华人民共和国劳动法》第五十条：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
- 《工资支付暂行规定（1994年版）》第七条：工资必须在用人单位与劳动者约定的日期支付。如遇节假日或休息日，则应提前在最近的工作日支付。工资至少每月支付一次，实行周、日、小时工资制的可按周、日、小时支付工资。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十条：用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
综上所述，员工在公司不发工资时采取的罢工行为，其合法性需根据具体情况判断。合法的罢工行为应基于正当目的、遵循合法程序，并避免使用违法手段或扰乱公共秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。