结论前置：司机有驾驶证但出交通事故时被查出是色盲，保险是否赔偿需分情况讨论，主要取决于色盲是否与事故发生存在因果关系以及保险合同中的具体条款。

1. 色盲与事故无因果关系：

   • 如果色盲这一状况并未对事故的发生起到任何作用，即事故的发生与色盲无关，那么保险公司通常不能以色盲为由拒绝赔偿。因为保险赔偿的基本原则是“无因果关系，无责任”，即只有当被保险人的行为或状况与事故发生存在直接因果关系时，保险公司才可能拒绝赔偿或减轻赔偿责任。
   • 在此情况下，司机应保留好事故现场的照片、视频、交警出具的事故责任认定书等证据，以便在理赔时证明色盲与事故无关。

2. 色盲与事故有因果关系：

   • 如果色盲导致司机在驾驶过程中无法正确识别交通信号、标志或标线，从而引发了交通事故，那么保险公司可能会根据保险合同中的相关条款拒绝赔偿或减轻赔偿责任。因为此时色盲成为了事故发生的一个重要因素，保险公司有权根据合同条款进行抗辩。
   • 司机在此情况下应仔细审查保险合同中的免责条款，了解保险公司是否将色盲列为免责事由。如果合同中有明确规定，且司机在投保时未如实告知色盲状况，那么保险公司拒绝赔偿或减轻赔偿责任的可能性较大。

3. 保险合同条款的审查：

   • 无论色盲是否与事故有关，司机都应仔细审查保险合同中的相关条款，特别是关于免责事由、赔偿范围、赔偿限额等方面的规定。这些条款将直接影响保险公司的赔偿责任和赔偿金额。
   • 如果司机对保险合同中的条款存在疑问或不解，应及时向保险公司咨询或寻求专业法律意见，以确保自己的权益得到保障。

额外建议：

• 司机在投保时应如实告知自己的健康状况，包括色盲等可能影响驾驶安全的因素。如果隐瞒或虚假告知，可能会导致保险合同无效或保险公司拒绝赔偿。
• 在发生交通事故后，司机应及时报警并保护好现场，同时通知保险公司进行理赔。在理赔过程中，司机应积极配合保险公司的调查和取证工作，提供必要的证据和资料。

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