针对您提出的“超员40%怎么处罚”的问题，我会根据车辆类型的不同，为您详细解答相关的处罚规定。

一、营运客车（不包括公共汽车）、校车超员40%的处罚

1. 罚款：根据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，营运客车或校车超员40%，将被处以五百元以上二千元以下的罚款。

2. 驾驶证记分：依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，此类车辆超员20%以上未达到50%（包括40%）的，驾驶员将被记9分。

3. 车辆扣留：公安机关交通管理部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。

4. 运输单位责任：如果这是运输单位的车辆，并且经处罚后仍不改正，那么对直接负责的主管人员还将处以二千元以上五千元以下的罚款。

二、普通私人小型汽车超员40%的处罚

1. 罚款：对于普通私人小型汽车超员40%的情况，各地会根据实际情况，依据《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，处以二十元以上二百元以下的罚款。考虑到超员的严重性，实际罚款可能接近上限。

2. 驾驶证记分：根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶其他载客汽车载人超过核定人数20%以上未达到50%（包括40%）的，驾驶员将被记3分。

三、货运机动车超员（或超载，此处主要讨论超员情况但货运机动车主要关注超载，若超员则参照类似规定）40%的处罚

虽然货运机动车主要关注的是超载问题，但如果发生超员情况，且超员比例达到40%，那么：

1. 罚款：通常会被处以五百元以上二千元以下的罚款。

2. 车辆扣留：公安机关交通管理部门有权扣留机动车，直至违法状态消除。

3. 驾驶证记分：如果货运机动车违反规定载客（即超员），驾驶员将被记6分（但需注意，货运机动车超载的记分规定与超员可能有所不同，具体需参照最新记分管理办法，此处为类似情况的参考）。不过，在超员的具体情境下，若超员比例达到40%且属于货运机动车违规载人，实际处理可能更侧重于罚款和车辆扣留，并依据具体情况记分。

总结与建议

超员行驶是严重的交通违法行为，不仅会导致法律后果，如罚款、扣分、车辆扣留等，更重要的是极大地增加了交通事故的风险，对乘客和驾驶员的生命安全构成严重威胁。因此，我强烈建议所有驾驶员：

• 严格遵守交通法规，确保车辆不超员。
• 定期检查车辆状况，确保行车安全。
• 提高安全意识，珍惜自己和他人的生命财产安全。

希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的解释，请随时告诉我。