超员40%以上的处罚需根据具体交通方式及法律规定分情况讨论，主要涉及道路交通安全法和相关实施条例的处罚标准。以下是具体分析：

1. 公路客运车辆超员40%以上
   根据《道路交通安全法》第九十二条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》，公路客运车辆载客超过额定乘员40%的，处500元以上2000元以下罚款，并由公安机关交通管理部门扣留机动车至违法状态消除。同时，驾驶人会被一次性记12分，可能面临驾驶证降级或吊销风险。若超员行为构成危险驾驶罪（如严重超员导致事故），还可能承担刑事责任。

2. 校车超员40%以上
   校车作为特殊车辆，其超员处罚更为严格。根据《校车安全管理条例》第五十条，校车载人超过核定人数40%的，由公安机关交通管理部门扣留车辆至违法状态消除，对驾驶人处1500元以上2000元以下罚款，并吊销机动车驾驶证。若校车所有人或管理人存在过错，也可能被追究连带责任。

3. 其他载客汽车（如私家车）超员40%以上
   对于非营运的私家车等载客汽车，超员40%以上（如5座车超员2人）的，根据《道路交通安全法》第九十条，驾驶人会被处200元以上500元以下罚款，并一次性记6分。若超员导致事故，保险公司可能以“超载免责”为由减少赔付，驾驶人还需承担民事赔偿责任。

补充说明：

• 超员比例计算方式为：（实际载客人数 - 核定载客人数）÷ 核定载客人数 × 100%。
  
• 处罚不仅针对驾驶人，若车辆所有人或管理人指使、强令驾驶人超员，也会被追究法律责任。
  
• 实际执法中，交警可能结合超员人数、车辆类型、行驶路段等因素综合裁量罚款金额。
  

如有具体案件细节（如车辆类型、超员人数、是否发生事故等），可进一步向我咨询，我会结合法律条文和实务经验为您详细分析。