针对车辆行驶中自燃导致发动机被烧毁的赔偿问题，核心结论需分情况讨论，主要取决于车辆是否在质保期内、是否购买自燃险以及自燃原因是否涉及第三方责任。以下是具体分析：

1. 若车辆仍在质保期内（通常为3年或6万公里，以购车合同为准）
   根据《家用汽车产品修理更换退货责任规定》（即“三包”政策），若自燃因车辆本身质量问题（如电路设计缺陷、燃油系统故障等）引发，消费者有权要求4S店或生产商免费维修、更换发动机，甚至退换车（具体需满足“三包”退换条件）。
   关键点：需证明自燃与车辆质量直接相关，通常需通过消防部门出具的《火灾事故认定书》或第三方鉴定机构报告作为证据。

2. 若车辆已过质保期，但购买了“自燃损失险”（车险附加险）
   保险公司将根据合同约定赔偿发动机损失，但需注意：

   • 赔偿范围通常为“实际损失金额-免赔额”（如绝对免赔率20%）；
     
   • 若自燃因人为操作失误（如改装线路、违规放置易燃物）或故意行为导致，保险公司可能拒赔；
     
   • 需在事故发生后48小时内报案，并保留现场照片、消防证明等材料。

3. 若车辆未购买自燃险，但自燃因第三方责任引发（如其他车辆碰撞、道路设施故障）
   可向侵权方主张赔偿，例如：

   • 若因其他车辆碰撞导致自燃，由对方交强险或商业三者险赔偿；
     
   • 若因道路设计缺陷（如井盖缺失导致车辆底盘受损引发自燃），可向道路管理部门索赔。
     关键点：需通过交警《事故责任认定书》或司法鉴定明确第三方责任。

4. 若自燃原因无法查明或属于“意外事件”
   若既非质量问题、也非第三方责任，且未购买自燃险，则车主需自行承担损失。但若车辆存在召回信息（如生产商曾发布电路缺陷召回），可尝试主张生产商承担部分责任。

行动建议：

1. 立即报警并联系消防部门，获取《火灾事故认定书》；
   
2. 联系保险公司报案（若购买自燃险），或联系4S店/生产商（若在质保期内）；
   
3. 保留维修记录、购车合同、保险单等证据；
   
4. 若涉及第三方责任，尽快委托律师调查取证。
   

如有进一步细节（如车辆年限、是否改装、保险条款等），可随时向我补充说明，我会为您细化分析。