当员工违反公司规章制度时，公司需要依据相关法律法规和内部规章制度进行妥善处理。以下是一个详细且深入的处理流程和建议：
一、确认违规事实
首先，公司需要明确员工违反的具体规章制度条款，并收集相关证据，如监控录像、同事证言、书面记录等，以证实员工的违规行为。这一步骤至关重要，因为它为后续的处理提供了事实依据。
二、评估违规严重性
接下来，公司应根据规章制度的明确规定，评估员工违规行为的严重性。规章制度中通常会明确哪些行为属于轻微违规、一般违规和严重违规，以及相应的处理措施。例如，轻微的迟到早退可能只是口头警告，而严重的打架斗殴或贪污腐败则可能面临解除劳动合同的处罚。
三、依据规章制度处理
轻微违规：对于轻微违规，公司可以采取口头警告、书面警告或扣减奖金等措施，以提醒员工注意并改正错误。
一般违规：对于一般违规，公司除了给予警告外，还可以要求员工参加培训、进行书面检讨或调整工作岗位等，以帮助员工认识到问题的严重性并采取措施加以改进。
严重违规：对于严重违规，如打架斗殴、贪污腐败、严重失职等，公司有权依据规章制度解除劳动合同。在解除劳动合同前，公司应确保已经履行了通知工会的程序（如果公司建立了工会），并且解除劳动合同的理由充分、合法。
四、履行法定程序
在处理员工违规行为时，公司必须严格遵守法定程序。这包括：
通知工会：如果公司决定以员工严重违反规章制度为由解除劳动合同，应事先将理由通知工会，并听取工会的意见。如果公司没有建立工会，则应通知所在地的工会。
书面告知：公司应以书面形式告知员工解除劳动合同的决定，并明确说明解除的理由和依据。
办理离职手续：在解除劳动合同后，公司应协助员工办理离职手续，如结算工资、转移社保等。
五、案例参考与启示
以您提供的两个案例为例：
李某案例：李某在车间内与工友发生争执并扭打，严重违反了公司的规章制度。公司依据规章制度解除了与李某的劳动合同，并事先通知了工会。法院最终认定公司的解除行为合法，这启示我们公司在处理员工违规行为时，必须确保规章制度的合法性、合理性和公示性，并严格履行法定程序。
孙某案例：孙某因交通肇事被暂扣驾照，无法从事驾驶员工作。公司调整其岗位后，孙某拒绝到新岗位报到。公司依据规章制度解除了与孙某的劳动合同，并事先通知了工会。仲裁委和法院均支持了公司的解除行为，这启示我们公司在处理员工因自身原因无法履行原岗位职责时，应合理调整岗位，并要求员工服从安排。如果员工拒绝服从，公司有权依据规章制度解除劳动合同。
六、建议与总结
完善规章制度：公司应不断完善规章制度，确保其合法、合理、明确，并定期向员工公示或告知。
加强培训与教育：公司应定期对员工进行规章制度培训和教育，提高员工的法律意识和纪律观念。
依法处理违规行为：公司在处理员工违规行为时，必须严格遵守法律法规和内部规章制度，确保处理结果的公正性和合法性。
注重沟通与协商：在处理员工违规行为时，公司应注重与员工的沟通和协商，尽量通过和解、调解等方式解决问题，减少劳动争议的发生。
总之，当员工违反公司规章制度时，公司应依据相关法律法规和内部规章制度进行妥善处理，确保处理结果的公正性和合法性。同时，公司也应加强规章制度的培训和教育，提高员工的法律意识和纪律观念，共同维护公司的正常生产经营秩序。