结论：手写的房屋买卖协议在过几年过户出现问题时，能否追回款项取决于多个因素，包括协议的效力、买方的履约情况、是否存在违约行为以及诉讼时效等。以下是对这些因素的详细分析：
一、协议的效力
合法有效的协议：如果手写的房屋买卖协议是双方真实意思表示，且内容合法，不违反法律、行政法规的强制性规定，那么该协议是合法有效的。在这种情况下，如果过户出现问题，且是由于卖方的原因（如房屋存在权属纠纷、被查封等）导致无法过户，买方有权依据协议要求卖方承担违约责任，包括追回已支付的款项及可能的违约金或损失赔偿。
无效或可撤销的协议：如果协议存在无效或可撤销的情形（如一方以欺诈、胁迫的手段订立合同，损害国家利益；恶意串通，损害国家、集体或者第三人利益；以合法形式掩盖非法目的；损害社会公共利益；违反法律、行政法规的强制性规定等），那么协议可能自始无效或被撤销。在这种情况下，买方虽然可能无法直接依据协议追回款项，但可以根据法律规定要求卖方返还因协议取得的财产，并可能要求赔偿损失。
二、买方的履约情况
买方已履行付款义务：如果买方已经按照协议约定支付了购房款，且过户问题是由于卖方的原因导致的，那么买方有权要求卖方继续履行协议（如办理过户手续）或追回已支付的款项及可能的损失赔偿。
买方未履行付款义务：如果买方尚未支付或未完全支付购房款，且过户问题是由于买方自身原因（如未按时提供过户所需材料、未缴纳相关税费等）导致的，那么买方可能难以直接追回已支付的款项，除非卖方存在违约行为且买方能够证明其损失。
三、诉讼时效
根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。因此，如果买方在发现过户问题后，未在三年内提起诉讼或采取其他法律措施维护自己的权益，那么其可能面临诉讼时效届满的风险，即无法再通过法律途径追回款项。
四、建议措施
收集证据：买方应收集与房屋买卖协议相关的所有证据，包括协议本身、付款凭证、沟通记录等，以证明自己的权益和卖方的违约行为。
协商解决：在证据充分的情况下，买方可以尝试与卖方进行协商，寻求和解或达成新的协议以解决过户问题。
法律途径：如果协商无果，买方可以向人民法院提起诉讼或申请仲裁，要求卖方承担违约责任并追回款项。在此过程中，买方应注意诉讼时效的问题，及时采取法律措施维护自己的权益。
总结来说，手写的房屋买卖协议在过几年过户出现问题时，能否追回款项取决于协议的效力、买方的履约情况、是否存在违约行为以及诉讼时效等多个因素。因此，在遇到此类问题时，买方应咨询专业律师（即我本人，沈光辉律师，专注于刑事辩护、律师会见、取保候审、公司事务、房产纠纷、经济纠纷、法律顾问领域），以便更好地维护自己的权益。