结论：醉酒驾驶电动自行车发生事故导致住院，保险公司是否赔偿需分情况讨论，主要取决于保险类型、保险条款约定以及事故责任认定等因素。以下是具体分析：

1. 若投保的是交强险（机动车交通事故责任强制保险）
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十二条，驾驶人醉酒驾驶机动车发生交通事故的，保险公司仅在机动车交通事故责任强制保险责任限额范围内垫付抢救费用，并有权向致害人追偿；对于受害人的财产损失，保险公司不承担赔偿责任。
   关键点：

   • 电动自行车是否被认定为“机动车”是前提。若当地交管部门将涉事电动自行车认定为机动车（如超标车），则可能适用此条款；若认定为非机动车，则不适用。
     
   • 即使认定为机动车，交强险也仅垫付抢救费用（如住院期间的紧急医疗费），且保险公司事后可向驾驶人追偿；对于后续治疗费、误工费等损失，保险公司通常不赔。

2. 若投保的是商业险（如第三者责任险、意外险等）

   • 第三者责任险：若保险条款明确约定“醉酒驾驶”属于免责情形（绝大多数商业险均如此），则保险公司不承担对第三者的赔偿责任。
     
   • 意外险（含驾驶人意外伤害保险）：若保险条款将“醉酒驾驶”列为免责事由，则驾驶人自身因事故导致的住院费用、伤残赔偿等，保险公司不予赔付；若未明确排除，则可能按合同约定赔偿，但实践中此类情况极少。
     关键点：需仔细查阅保险合同中的“责任免除”条款，确认是否包含“醉酒驾驶”情形。

3. 若未投保任何保险或保险不覆盖
   驾驶人需自行承担全部住院费用及事故相关损失。若事故涉及第三方，还可能需对第三方的损失进行赔偿。

建议行动：

1. 立即联系保险公司，提供保单、事故认定书等材料，确认保险类型及条款约定；
   
2. 若电动自行车被认定为机动车，需核实是否持有有效驾驶证、车辆是否合法上牌（未合法上牌可能影响保险理赔）；
   
3. 保留所有医疗票据、费用清单等证据，以便后续主张权利；
   
4. 若对保险拒赔有异议，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。

如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情为您详细分析。