若罪犯在服刑期间被查出患有甲状腺肿瘤且需要手术，法院本身不会直接处理医疗事务，但会协调监狱方面确保罪犯获得必要的医疗救治。具体处理方式如下：

1. 监狱的医疗责任
   根据《监狱法》第五十四条，监狱应当设立医疗机构和生活、卫生设施，建立罪犯生活、卫生制度。若罪犯在服刑期间患病，监狱有义务提供必要的医疗救治，包括安排手术。若监狱自身医疗条件不足，需及时将罪犯转送至社会医院治疗，费用由国家承担。

2. 法院的协调角色
   法院在判决生效后，主要职责是监督刑罚执行。若罪犯或其家属提出医疗方面的诉求（如手术必要性争议），法院可能通过以下方式介入：

   • 要求监狱提供医疗证明或专家意见，评估手术必要性；
     
   • 若监狱未履行医疗义务，法院可依申请或依职权发出司法建议，督促监狱整改；
     
   • 在极端情况下（如监狱拖延治疗导致严重后果），罪犯可通过申诉或检察机关监督程序维护权益。

3. 特殊情形处理

   • 保外就医：若罪犯病情符合《刑事诉讼法》第二百六十五条规定的“严重疾病需保外就医”条件（如可能危及生命、生活不能自理等），监狱可提出申请，经省级监狱管理部门批准后，暂予监外执行，由家属负责治疗。
     
   • 暂予监外执行程序：需提交省级人民政府指定医院诊断证明、医疗鉴定意见等材料，法院审查后作出决定。若罪犯在保外就医期间逃脱，将依法收监；若病情好转，剩余刑期仍需继续服刑。

建议：若您或家属遇到此类情况，可先与监狱沟通了解医疗方案；若对处理有异议，可向监狱管理部门或检察机关反映，必要时通过法律程序维护权益。如有进一步疑问，欢迎直接向我咨询。