结论：员工配合调查录笔录本身不会留案底，但需根据具体情况判断是否涉及自身违法犯罪行为。

详细分析：

1. 案底的定义与范围：

   • 案底，通常指的是犯罪记录，即某人因犯罪行为被法院判决有罪后留下的记录。这种记录会保存在公安机关的系统中，对个人的社会信用、就业、出国等方面可能产生一定影响。

2. 配合调查录笔录的性质：

   • 员工配合调查录笔录，是公安机关在侦查案件过程中，为了收集证据、查明事实而进行的调查活动。员工作为证人或相关人员，提供证言或陈述，是协助公安机关工作的行为。
   • 这种行为本身并不构成犯罪，也不会导致员工留下案底。因为案底是与犯罪行为直接相关的，而配合调查录笔录只是提供信息或证言。

3. 可能涉及案底的情况：

   • 如果员工在配合调查过程中，被发现自身存在违法犯罪行为，如与老板共同犯罪、隐瞒犯罪事实等，那么员工可能会因此受到刑事追究，并被法院判决有罪。在这种情况下，员工会留下案底。
   • 但这种情况下的案底，是因为员工自身的违法犯罪行为，而不是因为配合调查录笔录这一行为本身。

4. 法律建议：

   • 对于员工来说，如果被要求配合调查录笔录，应当如实提供证言或陈述，不得隐瞒或歪曲事实。这是公民应尽的义务，也是协助公安机关工作的表现。
   • 如果员工担心自身可能涉及违法犯罪行为，或者对配合调查的过程有疑问或担忧，可以及时向专业律师咨询，了解自己的权利和义务，以及可能面临的法律后果。

后续行动建议：

• 如果您或您身边的人遇到了类似情况，即被要求配合调查录笔录，并担心可能留下案底或涉及其他法律问题，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，提供专业的法律意见和帮助。