针对乡镇企业资产被政府侵占的情况，企业有权通过法律途径维护自身合法权益，具体可采取以下措施：

1. 确认侵占行为的性质与合法性
   首先需明确政府行为是否属于合法征收、征用或行政强制措施。根据《民法典》《土地管理法》《行政强制法》等规定，政府若需占用企业资产，必须基于公共利益目的，并依法履行补偿程序。若政府未履行法定程序（如未作出补偿决定、未签订补偿协议、未公告征收决定等），则可能构成违法侵占。

2. 收集并固定证据
   企业应立即收集以下证据：

   • 资产权属证明（如土地使用权证、房产证、设备购置发票等）；
     
   • 政府侵占行为的证据（如现场照片、视频、政府文件、通知、强制拆除记录等）；
     
   • 资产价值证明（如审计报告、资产评估报告、财务报表等）；
     
   • 沟通记录（如与政府部门的往来函件、会议纪要等）。
     证据的完整性直接影响后续维权效果，建议委托专业律师协助取证。

3. 通过行政复议或行政诉讼维权

   • 行政复议：若政府行为属于具体行政行为（如征收决定、强制拆除决定等），企业可在知道该行为之日起60日内向上一级政府部门或本级人民政府申请行政复议，要求撤销违法决定或确认行为违法，并主张赔偿。
     
   • 行政诉讼：若复议未果或直接选择诉讼，企业可在知道政府行为之日起6个月内向法院提起行政诉讼，请求法院判决政府停止侵害、返还财产或赔偿损失。根据《行政诉讼法》，法院将审查政府行为的合法性，若认定违法，将支持企业诉求。

4. 主张国家赔偿
   若政府行为已被确认违法（如通过复议或诉讼判决），企业可依据《国家赔偿法》向赔偿义务机关（实施侵占行为的政府部门）提出赔偿申请。赔偿范围包括直接损失（如资产价值、停产停业损失等）和合理间接损失（如搬迁费用、律师费等）。若赔偿义务机关拒绝赔偿或赔偿不足，企业可在收到决定之日起3个月内向法院提起赔偿诉讼。

5. 协商与调解
   在维权过程中，企业可尝试与政府协商，通过签订补偿协议解决争议。若协商无果，可申请第三方调解（如人民调解委员会、行政争议调解中心等），以降低维权成本。但需注意，协商或调解结果应形成书面协议，并明确补偿金额、支付方式及违约责任，避免口头承诺。

温馨提示：乡镇企业资产被侵占往往涉及复杂的地方政策与历史遗留问题，建议企业尽早委托专业律师介入，制定针对性维权策略。若需进一步分析具体案情或协助起草法律文书，可直接向我咨询。