结论：在民事判决确认继承权后，行政诉讼中能否主张善意取得，需根据具体情况判断，一般情况下，若符合善意取得的构成要件，可以主张，但也可能因继承权确认的既判力等因素而受到限制。以下从不同角度进行分析：
一、善意取得的基本构成要件
善意取得是指无权处分人将其受托占有的他人的财物转让给第三人的，如受让人在取得该财物时系出于善意，则受让人取得该物的所有权，原权利人丧失所有权。其构成要件通常包括：
- 受让人受让该不动产或者动产时是善意：即受让人在受让财产时，不知道转让人无处分权，且无重大过失。
- 以合理的价格转让：受让人必须支付了合理的对价，且该对价已经实际支付或能够确定支付。
- 转让的不动产或者动产依照法律规定应当登记的已经登记，不需要登记的已经交付给受让人：即完成了物权的变动公示程序。
二、民事判决确认继承权后行政诉讼中主张善意取得的可能性
若继承权确认判决不影响物权变动公示的效力：
- 在继承权确认后，若相关财产尚未完成物权变动公示（如未办理过户登记），且第三人符合善意取得的构成要件，那么在行政诉讼中，第三人仍有可能主张善意取得。
- 例如，被继承人死亡后，其遗产尚未分割，继承人之间就继承权发生争议并诉至法院，法院确认了某继承人的继承权。但在此期间，另一继承人擅自将遗产中的房产出售给第三人，且第三人符合善意取得的构成要件。此时，在行政诉讼中，第三人可以主张善意取得该房产的所有权。
若继承权确认判决具有既判力，且影响物权变动公示的效力：
- 在某些情况下，民事判决确认继承权后，可能直接导致物权的变动，且该变动具有公示效力（如法院判决确认某继承人对特定房产享有所有权，并办理了过户登记）。
- 在此情况下，若第三人再主张善意取得，可能面临障碍。因为继承权确认判决已经明确了物权的归属，第三人难以再主张自己不知情或无重大过失。
- 但需注意的是，如果第三人能够证明自己在受让财产时确实不知情，且无重大过失，且符合善意取得的其他构成要件，那么仍有可能在行政诉讼中主张善意取得。不过，这种情况下，第三人需要承担更重的举证责任。
三、行政诉讼中的特殊考虑
在行政诉讼中，除了考虑善意取得的构成要件和民事判决的既判力外，还需要考虑行政行为的合法性、合理性以及行政诉讼的特殊性。例如：
- 如果行政机关在办理物权登记时，未依法审查相关材料或存在其他违法行为，导致物权登记错误，那么第三人可能无法基于该错误的登记主张善意取得。
- 行政诉讼中，法院会对行政行为的合法性进行审查，并可能根据审查结果撤销或变更行政行为。因此，即使第三人原本符合善意取得的构成要件，也可能因行政行为的被撤销或变更而失去主张善意取得的基础。
四、建议
- 在涉及继承权和善意取得的案件中，建议及时咨询专业律师：律师可以根据具体案情，分析民事判决和行政诉讼之间的关系，以及善意取得的构成要件是否满足，从而为客户提供准确的法律意见。
- 注意收集证据：无论是主张继承权还是善意取得，都需要提供充分的证据来支持自己的主张。因此，在涉及相关案件时，建议及时收集、保存相关证据。
- 关注行政行为的合法性：在行政诉讼中，行政行为的合法性是审查的重点。因此，如果涉及物权登记等行政行为，建议关注其合法性，并在必要时提出异议或申请复议、诉讼等。
如有具体案件或进一步疑问，可以直接向我咨询。