员工迟到进行扣补贴是否合法，主要取决于用人单位的规章制度是否合法制定、扣罚金额是否合理，以及是否存在特殊情况。以下是对这一问题的详细分析：
合法的情形
规章制度明确且合法制定：
- 用人单位必须依法建立和完善劳动规章制度，并在其中明确规定迟到的扣补贴标准。规章制度的制定应经过民主程序，如职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，规章制度应向劳动者公示或告知，确保员工知晓并理解相关规定。若满足这些条件，规章制度中关于迟到的具体扣补贴措施才具备合法基础。
劳动合同有约定：
- 若劳动合同中明确约定了迟到扣补贴的标准，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，则按照约定扣补贴也是合法的。
扣除金额合理：
- 扣除的补贴部分不能超过劳动者当月工资的合理比例（一般不超过20%），且扣除后的剩余工资（包括基本工资和其他合法收入）不得低于当地最低工资标准。这是为了保障劳动者的基本生活需求。
无特殊情况：
- 员工迟到若非因不可抗力等合理原因，而是无故迟到，则用人单位在合理范围内扣补贴是合法的。
不合法的情形
无规章制度依据或规章制度制定程序不合法：
- 如果用人单位没有制定相关的规章制度，或者规章制度中未明确迟到扣补贴的规定，又或者规章制度的制定未经民主程序，或未向劳动者公示，则随意扣补贴是不合法的。
扣除金额过高或违反最低工资标准：
- 如果扣除的补贴超过了劳动者当月工资的合理比例，或者扣除后的剩余工资低于当地最低工资标准，则这种扣补贴行为也是不合法的。
存在特殊情况：
- 如果员工迟到是因不可抗力等合理原因导致的（如自然灾害、突发疾病等），用人单位仍进行扣补贴则可能不合理且不合法。
法律依据与维权途径
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动法》第四条规定了用人单位应建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利和履行劳动义务。
- 《中华人民共和国劳动合同法》第三十八条和第八十五条规定了用人单位在支付劳动报酬方面的义务和法律责任，包括不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资，以及未按照劳动合同约定或国家规定及时足额支付劳动报酬时的法律责任。
维权途径：
- 如果员工认为用人单位的扣补贴行为不合法，可以先与用人单位进行沟通协商，要求其说明扣补贴依据。
- 若协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。
总结与建议：
员工迟到扣补贴是否合法，需综合考虑多个因素。用人单位在制定规章制度时应确保合法性与合理性，明确迟到扣补贴的标准和程序，并向劳动者公示或告知。劳动者在面临扣补贴时也应了解自己的权益与维权途径，如认为用人单位的扣补贴行为不合法，可以通过沟通协商、投诉或申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。