员工迟到，公司是否有权扣工资，这主要取决于公司的规章制度是否合法合规、员工迟到是否给公司造成经济损失以及迟到的具体原因。以下是对此问题的详细分析：

一、公司规章制度合法合规是前提

1. 制定程序合法：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，公司在制定涉及劳动者切身利益的规章制度时，应当经过职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。同时，这些规章制度需要向员工进行公示或告知。如果公司没有遵循这些程序，那么其制定的规章制度可能不具备法律效力。

2. 内容合法合理：规章制度中关于迟到扣工资的规定应合理且明确，不能过分高于实际损失或显失公平。例如，迟到一分钟扣一天工资这样的规定显然是不合理的。

二、扣工资需基于实际损失或合法合理的规章制度

1. 基于实际损失：如果员工迟到确实给公司造成了实际经济损失，如因迟到导致客户流失、生产延误等，公司可以要求员工赔偿。但赔偿额需合理，通常不得超过员工当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地最低工资标准。

2. 基于合法合理的规章制度：如果公司有经过合法程序制定的规章制度，并且该规章制度中明确规定了员工迟到要扣工资，且扣工资的标准合理，那么公司按照规定扣工资是有一定法律依据的。

三、公司无权随意扣工资的情况

1. 规章制度不合法或未制定：如果公司没有制定相关的规章制度，或者规章制度的制定程序不合法（如未经职工讨论和协商、未进行公示或告知劳动者），则公司不能以迟到为由扣工资。

2. 扣薪幅度不合理：即使公司有规章制度，但如果扣薪幅度过大，严重损害了劳动者的合法权益，该扣薪行为也可能被认定为违法。例如，迟到几分钟就扣除当天全部工资，这种做法显然是不合理的。

3. 缺乏法律依据：根据现行法律法规，《中华人民共和国劳动法》及《中华人民共和国劳动合同法》等并未赋予用人单位对劳动者进行罚款的权利。因此，如果公司以迟到为由直接扣除员工工资，而没有其他合法依据，则构成对劳动者合法权益的侵犯。

四、实际案例与应对措施

• 实际案例：假设某公司员工小张因迟到半小时被公司扣除了当天工资，但公司并未制定关于迟到扣工资的规章制度，或者规章制度未经过合法程序制定且未向员工公示。在这种情况下，小张可以依据相关法律法规，通过合法途径要求公司退还扣除的工资。

• 应对措施：如果劳动者认为公司以迟到为由扣工资的行为不合法，可以首先与公司进行协商解决。如果协商不成，可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。

总结与建议：公司在处理员工迟到扣工资问题时，应确保规章制度合法合规，制定程序和内容均符合法律要求。同时，扣工资行为应有理有据，要么基于实际经济损失，要么基于合法合理的规章制度。避免滥用扣工资权力，以免引发不必要的劳动纠纷和法律风险。劳动者也应了解自身权益，对于不合理的扣工资行为，及时寻求法律帮助来维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。