收取合同保证金是否合法，需根据具体情况判断，关键在于是否符合法律法规规定、双方是否在平等自愿基础上达成合法有效约定，以及是否存在特定情形下的禁止或限制。以下从合法与不合法两种情况为您详细分析：
合法情况
双方自愿且合法约定：
- 在民事经济活动中，如果合同双方在平等、自愿的基础上达成一致，且保证金的收取不违反法律法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，那么收取合同保证金是合法的。例如，在房屋租赁合同中，房东可能会要求租客支付一定数额的保证金，以确保租客在租赁期间遵守合同约定，不损坏房屋设施等。这种约定对双方都具有法律约束力。
遵循法定限度：
- 若合同保证金具有定金性质，根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，其数额不得超过主合同标的额的20%。超过部分不产生定金的效力，但不影响其他部分的合法性。例如，如果主合同标的额为10万元，那么定金性质的保证金最高不得超过2万元。
明确合同条款：
- 为确保双方权益，合同中应详细列明保证金的数额、支付方式、用途、退还条件及时间等关键条款。这样，在合同履行过程中，双方都能明确自己的权利和义务，避免产生纠纷。
不合法情况
违反法律法规：
- 如果保证金的收取方式存在欺诈、胁迫等违法手段，或者违反了相关法律法规的明确规定，则此行为被视为不合法。例如，某些不法分子可能会以收取保证金为名，行诈骗之实，这种行为显然是不合法的。
特定合同类型禁止：
- 在某些特定类型的合同中，如劳动合同，收取保证金是明确违法的。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位不得要求劳动者提供担保或以其他名义收取财物。如果用人单位违反这一规定，将面临法律制裁。
主体不具备合法资质或超越经营范围：
- 若收取保证金的主体没有合法的经营资质，或其行为超出了其经营范围，也可能导致收取保证金的行为被认定为不合法。例如，一个没有金融资质的公司却以收取保证金为名进行非法集资活动，这种行为显然是不合法的。
金额过高或不合理：
- 虽然法律未对保证金的具体金额做出普遍限制（除定金性质的保证金外），但如果收取的金额明显过高或不合理，可能被视为违反公平原则，进而被认定为不合法。例如，在某些合同中，一方可能会要求另一方支付过高的保证金，以获取不正当的利益，这种行为也是不合法的。
处理建议
严格遵守法律法规：
- 在收取保证金前，务必了解并遵守相关法律法规的规定，确保行为的合法性。这是避免法律风险的基础。
谨慎审查合同条款：
- 在签订合同时，应仔细审查关于保证金的条款，确保其清晰、明确且合法合规。如果对合同条款有疑问或不确定的地方，应及时向对方提出并协商修改。
保留相关证据：
- 在支付保证金时，应保留好相关的支付凭证和合同文本等证据。这样，在发生纠纷时，可以凭借这些证据来维护自己的合法权益。
如果您在签订合同或支付保证金过程中遇到任何法律问题或困惑，可以直接向我咨询。我会根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律建议。